Үшінші кезеңде (2001 жылдан бастап осы уақытқа дейін) саланы қайта құрылымдау басталды. Атап айтқанда, «Қазақстан темір жолы» ұлттық компания» ЖАҚ құрылуы осы реформалардың жүзеге асырылуының бастамасы болды. Олар еліміздің теміржол көлігін қазіргі заманға сай әрі жоғары тиімді салаға айналдыруға бағытталған және әлемдік тасымалдау жүйесіне үйлесімді кіріге отырып, дамыған нарықтық, бәсекелестік жағдайында тұтынушылардың талаптарына барынша сәйкес келетін кәсіпорын дәрежесіне жеткізу болды.