Ә.Бөкейханов бастаған ұлт-азаттық қозғалыс қайраткерлері мен белсенділерінің Кеңестік билікпен арақатынасы күрделі сипат алды. Мемлекеттік автономия алудан үміттенген ұлт-азаттық қозғалыс басшылары жаңа билікпен тіл табысуға ұмтылыс жасады. Өз ретінде кеңестік билік кешегі қарсыластары — Алаш зиялыларына қатысты екі жакты саясат ұстанды. Алғашқы кезеңде арнайы білімі бар мамандарға зәрулікті сезіне отырып билік орындары санаулы қазақ зиялыларын кеңестік кызметке тартуға әзірлігін байқатқанымен, осымен бір мезгілде алаш қайраткерлері билік тарапынан саяси сенімсіздікке ұшырап, қудалауға алынды. Өз ретінде ұлт зиялыларының өз ішінде ауызбірліктің болмауы, әсіресе билікке тартылған кейінгі буын — тәжірибесіз элитаның топшылдық дертіне шалдығуы империялық күштердің Алаш қайраткерлерімен есеп айырысуына қолайлы жағдай туғызды. Ахмет Байтұрсынұлы және басқа Алаш көшбасшыларының зиялы топ өкілдерін татуластыру әрекеттерінен ештеңе шықпады.
Смағұл Сәдуақасов биліктегі топты Мәскеулік әкімшілік алдында ұлттың ішкі өміріндегі кейбір мәселелерге байланысты толық сыр ашпауға шакырды. Ал, бірақ Орталық билік қазақ коғамы ішіндегі саяси ағымдар мен ұстанымдар жөнінде толық мәліметті сол қазақ қызметкерлерінің өздерінен-ақ алып отырды. Басқаша айтканда, империялық ұстанымдағы орталыққа қазақ қоғамының ішкі өміріндегі процестерді бақылап, өзіне тиімді бағыт-бағдар беріп отыру қиынға түскен жоқ.
1926 жылы 12 жоне 14 қараша күндері Мәскеуде, Бүкілресейлік Орталық Атқару Комитетінің кезекті сессия жұмысына қатынасуға келген ұлттық автономиялық құрылымдардың 49 басшы қызметкерлері «националдар кеңесі» аталған жиналыс өткізеді. И.Сталиннің келісімінсіз өткізілген бұл кеңесте тыңдалған баяндамалар мен жарыссөзде орталық биліктің Ресей федерациясы құрамындағы ұлттық, автономиялық құрылымдарға жергілікті халықтардың мүддесі сол бұрынғы күйде ескерусіз аяқ асты қалып қойғандығы жан-жақты талқыға алынады. Кеңес жұмысына Ресей Федерациясы үкіметі төрағасының орынбасары Т.Рысқулов басшылык жасайды. Бір ауыздан қабылданған қарарда кеңеске катысушылар ұлттық автономияларда қалыптасқан жағдайды өзгерту мақсатында ұлттық мәселелер бойынша кезекті кеңесті шақыруды талап етеді.
И.Сталиннің наразылығын туғызған бұл кеңес туралы орталықтың ызғарлы ұстанымын Ф.Голощекин тез арада «қазақ ұлтшылдарын» жазалау мүмкіндігі ретінде пайдаланды. Мәскеудегі «националдар кеңесінің» ізін ала Қызылордада өткен Қазақ өлкелік партия комитетінің III Пленумы (1926 ж. 25—30 қараша) құрамында С.Сәдуақасов, С.Қожанов және Ж.Мыңбаев бар «ұлтшылдар» тобының қызметі жөнінде мәселе қарап, «қазақ ұлтшылдығын» үзілді-кесілді айыптаған қаулы кабылдайды. Бұл іс жүзінде республикадағы жоғарғы билікті «ұлтшылдардан» біржола тазарту шарасының өзі болатын. Саяси қудалауға ұшыраған Ж.Мыңбаев пен С.Сәдуақасов көп ұзамай өмірден өтті (1929, 1933 жж.), ал С.Қожанов болса, біржола саяси қызметтен ығыстырылды.
Жоғарғы басшылықтың құрамындағы «ұлтшылдарды» қызметтен аластай отырып, Ф.Голощекин 1927 жылдың күзінен бастап Мәскеудің қолдауына сүйеніп, ұлт-азаттық козғалыс қайраткерлерін соттау шараларын іске асырды. 1928 жылы қазанда Қызылорда абақтысында А.Байтұрсынұлы, М.Дулатұлы, Х.Ғаббасов бастаған 44 Алаш зиялылары қамауда отырды. Олардың төртеуі атылды, біреуі конц-лагерьде өлді, қалғандары он жыл түрмеге камау жазасына кесілді. 1930 жылы М.Тынышпаев, Х.Досмұхамедов, Ж.Ақбаев және басқалар бар 40 Алаш қайраткерлері қамауға алынып, олардың он бесі бес жылға Воронежге жер аударылды. М.Әуезов, Ә.Ермеков және М.Жұмабаев «ұлтшылдық» идеологиясынан бас тартатындықтары жөнінде баспасөз арқылы мәлімдеді. Большевиктік режім осылайша қазақ ұлт-азаттык қозғалысының басында тұрған зиялылар тобын, олар қалыптастырған азаттық идеологиясын жойып тынды. Қазақ қоғамы мәскеулік биліктің ұлт-азаттық қозғалыс басшыларына көпе-көрнеу жасаған қиянатын көзімен көрді, ендігі уақытта оның айтқанына көнбеген күнде сол алашордалықтардың кебін киетіндігін жаксы түсінді. Бұл қоғамның рухани азып-тозуына апармай қоймайтын жол еді.