Қарахан мемлекетінің құрылуына Қарлұқ одағының ыдырауы себеп болды. 840 жылы Қарлұқтың қағаны Қадырхан өлген соң оның екі баласы билікке ұмтылды. Базар Арслан хан Баласағұнды, ал Оғұлшақ Таразды билей бастады. Кейін Саманид ибн Ахмет Таразды басып алғаннан соң Оғұлшақ Қашғарға кетуге мәжбүр болды. Оғұлшақтың немере інісі Сатұқ Боғра хан (915-955 жж.) Қарахан әулетінің негізін салды. Ол ислам дінін қабылдаған соң саманилермен арадағы байланыс пайдаланып, Баласағұнның билеушісін құлатып, 942 жылы Боғра хан өзін қаған деп жариялады.
960 жылы оның баласы Мұса мемлекеттің діні етіп ислам дінін, астанасы етіп - Қашғар қаласын белгіледі. Мұса өлген соң билік Әли Арслан мен Хасан ханға тиіп, екеуінің өзара қырқысуына ұшырады. Х ғасырдың аяғында Қарахан мемлекеті шығыс және батыс иеліктер болып екіге бөлінді. Жетісу мен Шығыс Түркістан шығыс иелікке, ал Мәуреннахр батыс иелікке кірді. Шығыс иеліктің орталығы – Қашғар, ал батыс иеліктің орталығы - Үзгент кейін Самарқант қаласы болды. Кейін екеуі екі мемлекетке айналды. 990 жылы Саманилер әмірлерінің ішкі бүліктерін және олардың билігі әлсіреуін пайдаланған Хасан Боғра –хан Испиджабты басып алады. Екі жылдан кейін қарахандар Саманилардың астанасы – Бұхараны алады.
1130 жылы селжұқ сұлтаны Мәлік шахпен шайқаста жеңіліп Қарахан мемлекеті тарих саханасынан кетті.
Қарахан мемлекетінде билік екі тайпа ақсүйектерінің арасында бөлінген. Олар: жілік пен яғма тайпалары. ХІ ғ. 30-жылдары Қарахан мемлекеті екі бөлікке бөлінеді. Жоғарғы ретінде шығыс қаған есептелді. Бұл бөлік Тараз, Испиджаб, Шаш, Ферғана, Жетісу және Қашғар территорияларын қамтып, астанасы – Баласағұн қаласы болды. Шығыс ханы жілік тайпасынан тағайындалып, Арслан қарахан титулына ие болды. Батыс бөлігі Мауараннахрды біріктірді. Бұл бөліктің қағаны яғма тайпасынан болып, Богра Қара қаған титулына ие болған. Оның ордасы Таразда, кейінірек самарқандта болған.
Мемлекет басшысы - хақан болды.Хақанның ең жақын көмекшісі және кеңесшісі-уәзір, сонымен қатар сарай адамдары, сарай күзетінің басшысы, есік қорушылар, қазынашылар, аспаздар, хат жүргізушілер, емшілер болды.Шенеуліктердің негізгі бөлігі сарай ақсұйектерінен құрылды. Хатшылар бітікші деп аталды. Ал егіншілікпен айналысатын отырықшы аудандарды-әкімдер мен бектер басқарды.
Қарахан мемлекетіндегі аса маңызды әлеуметтік саяси институт әскери-лендік жүйе болды. Хандар өздерінің туысқандары мен жақындарына ауданның, аймақтың немесе қаланың халқынан бұған дейін мемлекеттің пайдасына алынып келген салықтар алуға құқық берді. Мұндай тартулар „иқта” деп аталды, ал оны ұстаушы араб терминімен муқта немесе иқтадар деп аталды.
Иқта бірнеше категорияларға бөлінді. Иқта үлгісіндегі феодалдық жер сыйлықтары ірі, орташа және ұсақ жер сыйлықтарына бөлінді. Ірі үлесті жер-сыйлықтарын әулеттің мүшелері, орташа және ұсақ төрелер, олардың вассалдары алды. „Әскери иқтаны” әскербасшылары өздерінің қол астындағыларымен бөліскен. Үлестердің мөлшері иқтадардың қызметіне, әскери дәржесіне және сіңірген еңбегіне байланысты болды. Иқта беру арнайы грамотамен ресімделді, онда иқтадардың статусы және үлестің ақшаға шағылған құны көрсетілді.
Иқтаны иеленушілер тек салықтар салуға ғана емес, сонымен қатар жерге де, салық салынатын шаруаларға да өз құқықтарын сақтауға тырысты. Сыйлыққа алған жерін мұрагерлік иелікке айналдыруға тырысқан.
Иқтамен қатар жер иеленудің басқа да түрлері болған. Қарахан билеушілері қазынаға түсетін салықтардың көзі және шартты, уақытша сыйлық беру қоры болған ірі жер учаскелерін иеленді. Бұл Қарахан әулетінің жауларынан тартып алған жерлер болды. Оны – фоидтар деп атаған. Дін басыларының негізгі материалдық базасын діни мекемелердің пайдасындағы жерлер – вакф құраған. Бұл жерлерден салық алынбаған. Мемлекеттің меншігіндегі, мұрагерлікке алынған, вакфтық жерлер шаруаларға арендаға берілетін болған. Мұндай жүйе – „музари” деп аталады.
Х ғ. аяғында қарахандықтар арасында, атап айтқанда Али мен Хасан ұрпақтары арасында өзара қайшылықтар пайда болады. Өзара араздықты Орталық Азиядағы көшпелі қидан тайпалары ұтымды пайдаланды. 1017 жылы қидандар Жетісуға басып кіріп, Баласағұнға дейін жеткен. Бірақ Туған хан оларды шығысқа шегінуге мәжбүр етіп, үш айлық қудалаудан кейін тас-талқанын шығарады.
Әлсіз және мінезсіз Арслан хан билеген уақытта, орталық биліктің беделі күрт түсіп, ұлыс билеушілері арасындағы өзара араздықтар шиеленісе түскен. 1056 жылы Арслан хан өзінің інісі Богра ханға соғыс ашып, тұтқынға түседі. Нәтижесінде, өз ұлыстарынан айырылады.
Кейінірек, Мауараннахр Мәлік-шах бастаған селжүк сұлтанының қол астында болады. 1102 жылы Мауараннахрға Баласағұн мен Тараздың билеушісі – Қадыр хан Жабраиыл шабқыншылық жасайды. Ол Амударияға дейінгі жерлерді басып алып, селжүктардың иелігіндегі Термезді жаулап алмақшы болады. Бірақ жеңіліске ұшырап, тұтқынға түсіп, өлтіріледі.
ХІІ ғ. 30-жылдары Жетісу үнемі қидандардың шабқыншылығына ұшырап отырды. 1141 жылы қидандар селжүк және қарахандардың біріккен әскерін жеңіп, билік қидандардың қолына көшеді. Бірнеше жылдар бойы қарахандықтар қидандарға вассалды тәуелділікте болады. Тек ХІІІ ғ. басында ғана Қарахан мемлекеті өмір сүргенін тоқтатты.
Шаруашылығы. Бұл мемлекеттекөшпелі және жартылай көшпелі мал шаруашылығы, оның ішінде жылқы өсіруге баса назар аударылды. Қарахан мемлекетінде хандар мен сұлтандар туыстары мен жақындарының пайдасына “ихта” деген салық жинады. Ихтаның бірнеше түрі болды: жер сыйлықтары, әскери ихта, еңбек түріндегі ихта.