При приеме внутрь амоксициллин быстро и полностью всасывается из желудочно-кишечного тракта. Стабилен в кислой среде, прием пищи существенно не влияет на абсорбцию. Максимальная концентрация в плазме крови (Сmax) достигается через 1–2 часа. С белками плазмы крови связывается на 17%.
Накапливается в терапевтических концентрациях в перитонеальной жидкости, плевральном выпоте, легких (но не в гнойном бронхиальном секрете), слизистой оболочке кишечника, желчном пузыре и желчи (при нормальной функции печени), тканях плода. Период полувыведения (Т1/2) составляет 1-1,5 часа. При нарушении функции почек период полувыведения (Т1/2) удлиняется до 4-12,6 часов, в зависимости от клиренса креатинина. Частично метаболизируется с образованием неактивных метаболитов. 50-70% дозы выводится в неизмененном виде с мочой путем канальцевой секреции (80%) и клубочковой фильтрации (20%), 10-20% выводится с желчью.