Қоқан қаласында Түркістан автономиясы (Қоқан Автономиясы) үкіметінің құрылуы Х1Х ғасырдың аяғы мен ХХғасырдың басында өзінің басқару жүйесін Орта Азияға жаябастаған Ресей империясы татар, башқұрт елдерін бағындыруға қолданған -әдіс айлаларын енді жаңа елдерді бағындуруға да қолдана бастады. Негізгі тіршілік көзі –жерден ата салт- дәстүрлерін, мәдениеттен айырылуы қаупі енді осы елдерге де төнді. Міне, осындай жағдайда Ресей отаршылдығы сияқты мемлекеттік деңгейде ұйымдасқан дүлей күшке қарсы тура алу үшін соған деңгейлес ұйымдасқан материалдық және рухани күш қажет еді. Ондай күш бәрі бірдей Ресей империализмінің тәуелділігіндегі түркі халықтарын тұтас бір майданға біріктіру арқылы қалыптастыру мүмкін болатын. Тарихтың өзі алға тартып отырған осы талапты тұтас Түркістан («Ұлы Түркістан») идеясын қайта жаңғырту арқылы Мұстафа Шоқай қанағаттандыруға тырысты, оған жауап ретінде «Түркістан автономиясы дүниеге келді. Ол өзінің осы мақсаттағы ойын білдірді: «Түркістан- бөлінбес айырылмас бір өлке. Халқының ханы бір, тілі бір, діні бір, мақсаты бір. Түркістанның мақсаты-өзінің құртылысы, милли үкіметін болып тұру. Біздің мақсатымыз-алғыз Түркістанның ғана емес, бүтін түркі өлкесінің, бүтін түркі халқының дос болып , өзара бірлік- пірадарлықпен жасап, сырқы дүшанға қарсы өзінің толықтығын, үкіметінің толықтығын білдіріп қою...
М. Шоқай ХХ ғасырдың басындағы ұлт –азаттық әне әлеуметтік қайта аңғыру үшін бастаған қозғалыстың күш бастаушыларының бірі болды. Ол басқа түркістандық зиялылар сияқты ақпан төңкерісі нәтижесін үлкен ынта мен қолдап, уақытша үкімет тұсындағы Түркістанда болып жатқан саяси оқиғаларға қызу араласады.
1917жылы наурыз айында Ташкент қаласында Түркістан аймағы мұсылмандарының «Шуро-и-Ислам» (Ислам кеңесі) ұйымы құрылды.
Өлкедегі саяси жағдайдың шиеленісуіне алаңдаған уақытша үкіметі 7-сәуір күні «Түркістан комитетін» құрды. Түрккомитеті елде әлеуметтік жағайды шешуде дәрменсіздік білдірді. Түрккомитетке балама өлкелік билік оранын құру мұсылмандар арасында артты. 7-15 ші сәуір күндері Ташкентте жұмысшы депутаттары және мұсылман депутаттары кеңесінің бірлескен Түркістан өлкелік бірінші съезі өтті. Съезд Түркістан өлкелік Орталық Мұсылман Кеңесін құрып, оның төрағасы етіп Мұстафа Шоқайұлын сайлады. Ал 16-21-ші сәуір күндері аралығында Ташкент қаласында жалпы Түркістан мұсылмандарының алғашқы съезі өткізіліп, оған түркістандық қазақ, өзбек,татар, түркімен халықтарының 150-ден аса өкілдер қатысты.Съезд Уақытша үкіметке сенім білдіріп , Түркістанды мәдени –саяси өзін-өзі басқару қажеттігі жөнінде шешім қабылдады. Съезд кейін автономия мәселесі жөнінде «Шуро-и-Ислам» ұйымында ымырашылдық болмай, «Шуро-и-Улем» (Ғұламалар қоғамы ) бөлініп шықты.Төрағасы Сералы Лапин болды. М.Шоқай бұл ұйымның бағыты туралы: «Улемажамияти» мәселеге басқа келіп «Діни сот» деген атпен мәжіліс құрып, Ресей парламенті тарпынан Түркістанға қарасты шығарылатын заңдардың жоғарыда аталған заң мекемесі тарапынан бекітілуін талап еткен болатын» деп көрсетті. Бұл ұйымның талабы мұсылмандар үшін бір дәрежеде объективті болғанымен, ол кезде ондай талаптың жүзеге асу мүмкін емес еді. 1917жылы 8-11 қыркүйекте Ташкентте Түркістан аймағы мұсылмандарынң 11 съезі болды. Съезд «автономия» міселесі бойынша түркістанды «Ресей республикасы құрамындағы автономия» деп тану туралы таныстырғанша кейінге қалдырды.
Түрккомитетінң төрағасы Шепкин отставкаға-кетіп, оның жаңа құрамындағы жергілікті жаңа құрамына жергілікті саяси күштер өз өкілдерін енгізуге тырысты. Түрккомитетінің төрағасы болып 11мемлекеттік Думаның депутаты В. П.т Наливкин тағайындалды. Ал М. Шоқай болса, түрккомитет мүшелігіне тағайындалды. Осыдан толғағы жеткен ұлттық мәселелер Уақытша үкіметтің алдында батыл түрде қойыла бастады. М. Шоқай шілденің соңғы күндері мен тамыздың алғашқы жартысында Петроград пен Мәскеуде облыстық атқару комитеттері мен Мемлекеттік кеңес мәжілістеріне қатысып, үкімет мүшелерімен кездесті.
Сөйтіп Түркістандағы оқиғалар ағымына түбегейлі өзгеріс енгізген 1917 жылы 20-қарашада Ташкентте өз жұмысын аяқтаған 111 Түркістан өлкелік кеңестер съезі болды. Съезд ұлттық автономия мәселесін қабылдамады. Ол жерде негізгі қаралған мәселе саяси билік орнағанына байланысты. Түркістан Халық Комиссарлар Кеңесінің құрылғанын өлкедегі биліктің соның қолына өтетіндігін мәлімдеді. 14 адамнан тұрған бұл үкіметтің құрамында мұсылман елдерінен бірде бір өкіл жоқ еді. Бұл іс жүзінде жергілікті халықтың өзін-өзі басқару құқығын мойындамаудың және орнаған билік басшыларының ұлы державалық шовинистік қкөз қарас тұтқынында екендігінң көрінісі болатын. Түркістандағы орнаған кеңес өкіметінің сипаты жөнінде Г. Сафаров: «большевиктер партиясы мен солшыл эсерлер бірінші күннен –ақ авантюристік, кпрьеристердің және қылмыстық элементтердің ұясына айналды. Сондықтан мұндағы пролетариат диктатурасы алғашқы қадамынан –ақ нағыз орталық сипат алды»
1917 жылы екі бірдей әлеуметтік төңкеріс пен оның нәтижесінде туындаған азамат соғысы елдің экономикасын толық күйретіп, саяси апат алып келді. Олар орыс шаруаларына қызыл отрядтар ұйымдастырып, оларды мұсылмандарға қарсы қойды. Бұл жағдай М. Шоқай төрағалық еткен «Түркістан өлкесі мұсылмандары Кеңесіне» нақты жауап әрекеттерге көшуге итермеледі. 1917 жылы 26 қарашада Қоқанда 1V өлкелік Төтенше мұсылмандар съезі өз жұмысын бастады. Съезге 200 ден астам делегат қатынасты.
Облыстардан келген делегаттардан басқа съезге «Шуро-и-Исламия», «Жамияти Уламо» , мұсылман тау кен жұмысшыларының одағы, мұсылман жауынгерлері одағы, өлкелік еврейлер одағы және осындай қоғамдық ұйымдардан көптеген өлкелер қатынасты. Съезд жұмысына қатынасқан дардың арасында орыс патшасы өмірлік парыз еткен ескі орыс армиясының офицерлері де көп еді. Делегаттардың көпшілігі мемлекеттік жағынан ауқатты отбасынан шыққандар бірақ туған халқының тағдыры толғантқан азаматтар болатын.
Қоқан қаласында бұл уақытта 50мың адам тұратын . Қалада 382 мешіт, 40 медресе, 6 мың мұсылман дін қызметкерлері, 11 банк жұмыскерлері.
6 желтоқсан Ташкент халқы митингіге шығып Түркістан автономисын қолдайтындықтарын: білдірді. Аласапыран заманда Түркістанның дін ортақтығы да, шыққан тегеінің ортақтығыда біріктіре алмаған халқының басын бірсәтке ауызбірлікке жеткізген автономия туралы Г. Сафаров былай дейді: «Тарих доңғалағының жүрісі Түркістанда мекендеген әртүрлі халықтардың арасындағы антогонизмге әлде қайда күштірек болып шықты. Экономикалық мүдде тұрғысынан басы піспейтін элементтерді исламның беделіне, ортақ шығу тегіне сүйене отырып біріктірмек болған мұсылман зиялыларының әрекетінен түк шықпады, тек ғана автономилық қозғалыс бір сәтке осы элементттерді ауызбірліккен жеткізе алды. Түркістан халықтарынң саяси, экономикалық және рухани дербестікке ұмтылысының көрінісі болған «Түркістан автономиясы» құрамында қазан төңкерісі қарсаңында 2972725 қазақ өмір сүрген. Бұл қазақ елінің жартысынан астамы еді. Міне, осы сандық көрсеткіштің өзіақ Түркістан өлкесінде болып өткен оқиғалардың жалпы қазақ қоғамындағы қаншама ықпалды боларын көрсетсе керек. 1918 жылдың 11 ақпанында большевиктер күшпен Түркістан автономиясын тартып жіберді. Бұл кеңестік тарихнамада көрсетілгендей, Қоқан хандығын қалпына келтіруге тырысқан ергілікті ұлттық буржуазияның қуыршшақ үкіметі немесе жай бір қалалық құбылыс емес, Түркістан халқының өзін-өзі билей алу құқығын мойындамай ескі империялық түсінік шеңберде қалып қойған Ташкенттегі Кеңестік билікке балама билік еседінде өмірге келген жаопы түркістандық құбылыс болатын. Түркістан автономиясыжөнінде М. Шоқай «Ол кезде автономияны былайша түсінуші едік. Түркістанның өзіне тиесілі басқарушы және атқарушы мекемелері, яғни заң шығаратын парламент пен істі жүргізетін үкіметі болады. Сыртқы саясат, қаржы, жол әскери мәселелер Бүкілроссиялық Федерациялық Үкіметтің қарауында Оқу –ағарту, ішкі жолдар, басқару, сот және жер мәселелерінің бәрі жергілікті автономиялық үкіметтің шаруасы болуға тиіс.» Әрине, автономия өзін мемлекеттік форма ретінде танытып үлгерген жоқ, оған кеңестер билігі мүмкіндік бермеді. Ол жөнінде де М. Шоқай: «автономия түркістанның бүгінгі ұлт-азаттық қозғалысы жолында саылынған алғашқы негіз», деп баға берді. М. Шоқай өмірінің соңына дейінТүркістан халықтарының тәуелсіздігі олардың мемлекеттік тұтастығына байланысты деген ойда болды. Осы ойдың жолында насихатшысы болып өмірден өтті. ОЛ, Қазақ автономиясы жеке емес, Түркістанмен бір болуы керек деп санады. М. Шоқайдың осы пікірі жөнінде М. Дулатов: «Съездің соңына қарай Қоқаннан Шоқайұлы Мұстафа келді. Шоқайұлы Қазақ автономисының өз алдына жеке жақтады», -деп көрсетті. Бірақ, М.Шоқай айға жетер етпас мезгілде Алаш орда үкіметінң өмірге келерін білген жоқ, оны ойлауға уақыт келерін білген жоқ, оны ойлауға уақыт ағымы да мрсат бермеді. «Қазақ» газетінің 1917 жылғы 18-желтоқсандағы санында «Сырдария облысының қазағына « деген үндеуінде М. Шоқай осы жай жөнінде : «Замананың түрі жаман болып бара жатқан соң Алаш ұранды қазақ-қырғыз өзалдына автономия иғлан етуі қашан болатынына көз жетпей біздің Сырдария қазағы Түркістан автономиясына қосылды деп иғлан етіліп еді. Сырдария халқына өз тарапынан айтарым, тегін Алаш баласының басы қосылатын кезі осы, бүгін ...Сырдария қазағы кешіктірмей Алаш туының астына жиналар деген үміттеміз», -деп үндеу тастады. Болашақта Түркістан автономисы мен Алаш автономиясы одақ құру мақсатында болғандықтан, 1918 жылы қаңтарда өткен Сырдария қазақтарының съезі Сырдария облысының Түркістаннан бөлініп кеткі Түркістан ұлт-азазттық қозғалысына соққв болуы мен әрекетке мақсаттылық теориялық негіз беру алаш зиялыларының қызметіне тұс келеді. Алаш қлзғалысы халқымыздың өз зиялылары арқылы мемлекеттік дербестік, тәуелсіздік туралы тұңғыш рет саналы түрде мәселе қойып, сол үшін мақсатты күрес еді. Бұл, мешеуліклікпен орталық үстемдіктің құрсауында тұншыққан қазақ сияқты халық үшін ХХ ғасырда жаңа сападағы мәдениетке бет түзеген адамзаттың көшіне еруді мақсат етіп табиғи ұмтылысы болатын. Бұл ұмтылыс қазақ жұртының дұрыс табиғи даму тұрғандығын көрсетті. Өкінішке орай, бұл табиғи жаңғыру шегіне жете алмады, партиялық өктемдіктің құрбаны болып, тарих қойнауына енді.