XVII ғасырдың басы мен ортасына дейінгі Қазақ хандығы: Есім хан (1598-1628 жж.) қазақ тарихында «Еңсегей бойлы ер Есім» деген атпен әйгілі болды, оған бұл атақ 1598 жылы ағасы Тәуекел ханмен бірге Мауераннахрға жасаған жорықта ерлігімен ерекше көзге түскені үшін берілген екен. Есім – Шығай ханның баласы. Хан тағына отырған соң Бұхарамен бітім-шартын жасасып, Орта Азия қалаларымен бейбіт, экономикалық байланыс орнатуға ұмтылды. Қазақ хандығын бір орталыққа бағынған мемлекет етіп құруды көздеді. «Есім ханның ескі жолы» деп аталған заңдар жинағын құрастырды. Есім ханның қазақтарды бір орталыққа бағындыру саясатына қарсы болған сұлтандар Қазақ хандығын бөлшектеуге тырысты.
Ташкент қаласы Қазақ хандығына қараған соң оны Жәнібек ханның немересі, Жалым сұлтанның баласы Тұрсын Мұхаммед сұлтан басқарған еді. Ол көп ұзамай тәуелсіз хан болуға әрекет жасады, тіпті өз атынан ақша соқтырып, алым-салықтар жинады. Сонымен, Қазақ хандығы екіге бөлініп, Түркістан қаласын орталық еткен Есім хан, Ташкент қаласын орталық еткен Тұрсын хан билеген еді. Бұлардың арасында соғыс қақтығыстары болды. Екі хан арасындағы күрес шиеленісіп, 1627 жылы Есім хан Тұрсын ханды өлтіріп, қазақ хандығын өз қол астына біріктірді. Қазақ хандығын біріктіру жолындағы Есім ханның күрестері қазақтың «Еңсегей бойлы ер Есім» атты тарихи жырына өзек болған.
XVII ғасырдың басында қазақ билеушілері мен Аштарханилер арасындағы өзара қатынастар тұрақсыз болды, олардың арасындағы қақтығыстар уақытша одақпен алмасып отырды. Мысалы, Аштарханилер әулетінің өкілі, Бұхар ханы Иманқұл Ташкентті тартып алуға тырысты, сол мақсатпен 1611 және 1613 жылдардың басында жорық жасады. Алғашқы жорығында Иманқұл хан Самарқандқа дейін жетіп, Ташкент пен оның аймағына өзінің құқығын мойындатты. Екінші жорығы да Ташкентке бағытталып, қазақтарды ойсырата жеңіп шығады. Осы жеңістен кейін ол өзінің ұлы Ескендір сұлтанды Ташкенттің билеушісі етіп тағайындайды. Ескендір сұлтанды ташкенттіктер өлтіргеннен кейінгі Иманқұл ханның кек алу жорығы қазақтар үшін ауыр болды. Өзінің Ташкентті алуға ұмтылуында ол қазақтың екі ханының өзара жауластығын пайдаланды. Сөйтсе де кейінгі жылдары қазақтардан жеңіліп, Иманқұл қазақ хандығымен бейбіт келісім жасады.
Есім хан 1628 жылы қайтыс болып, Түркістан қаласындағы Ахмед Иассауи кесенесінде жерленген. Есім ханның мұрагері Жәңгірдің өмірі ат үстінде Қазақ хандығы жауларымен күресте өтті. Халық оны ел үшін еңіреп туған ерлігіне бола «Салқам Жәңгір» деп атаған. Жәңгір хан (1628-1652 жж.) билік құрған жылдары да Сыр бойындағы қалалар үшін Аштарханидтермен және Жетісудағы жайылымдар үшін қалмақтармен қақтығыстар тиылмады.
Қазақ хандығына қалмақтар жақтан төнген қауіп зор болды. «Қалмақ» сөзі батыс монғолдардың түрікше аты. Олар өздерін ойраттар деп атаған. Қалмақтар бұл жылдары шығысында Хангай таулары, батысында Моғолстан, оңтүстігінде Гоби шөлі, солтүстігінде Ертіс пен Енисейдің жоғарғы ағыстары арасында көшіп-қонып жүрді. 1635 жылы бұл территориядағы тайпалардың басын біріктіріп, Батур қонтайшы Жоңғар мемлекетінің негізін қалады. Осыған байланысты жоңғарлар күшейіп, қазақ жерлеріне жиі-жиі шапқыншылықтар жасай бастайды. Жәңгір хан тұсында қазақтар мен жоңғарлар арасында үш ірі шайқас орын алады. Алғашқы 1635 жылғы шайқаста Жәңгір қалмақтарға тұтқынға түсіп қалып, бірақ көп ұзамай қашып шығады. Тұтқыннан босағаннан кейін, Жәңгір хан қалмақтарға қарсы күрес басшылығын өз қолына алады. 1643 жылы жоңғар қонтайшысы Батур қазақ жеріне 50 мың әскермен басып кіреді. 1644 жылы Жоңғарияға барған орыс елшісі Г.Ильин жоңғарлардың 50 мың қолына Жәңгір хан бастаған 600 жауынгердің қарсы тұрғанын айтқан. Мүмкін, бұл 600 адам ататын қарумен жабдықталған Жәңгір хан әскерінің алдыңғы шебі болуы мүмкін. Жәңгір өз тобының бір бөлегіне жоңғарлар тар асудан асып келгенше екі таудың арасындағы тар жырада ор қазып, бекініс жасауға бұйырады. Ал өзі екінші бөлегімен таудың екінші бетіне жасырынады. Жоңғарлар ор қазып, бекініп жатқан қазақ жасақтарына қарсы шабуыл жасайды. Осы кезде Жәңгір өз тобымен жаудың ту сыртынан лап береді. Қазақтар осы жерде бірінші рет оқ ататын қару пайдаланады. Шайқас барысында Батур қонтайшы 10 мың әскерінен айырылады. Шайқастың шешуші кезеңінде Жәңгір ханға Самарқан билеушісі Жалаңтөс батыр бастаған 20 мың әскер көмекке келеді. Батур қонтайшы кейін шегінуге мәжбүр болады. Сөйтіп, 1643 жылы жер жағдайын және соғыс тәсілін шебер пайдаланған Жәңгір хан Самарқан билеушісі Жалаңтөс батырдың әскери көмегі арқасында зор жеңіске жетті. Бұл тарихта Орбұлақ шайқасы деген атпен белгілі. Бұл жеңістің Қазақ хандығы үшін зор маңызы болды.
Бірақ жоңғар билеушілері қазақ жерлеріне басып кіру үшін жаңа жорықтарға дайындала бастады. Батур қонтайшы бытыраған әскерлерін қайта құрап, Сібірдегі орыс қамалдарынан қару-жарақ сатып алды. Өзіне тәуелді қырғыздардан ат-көлік жинастырды. Осындай әскери дайындықтан кейін Батур қонтайшы 1652 жылы қазақтарға қарсы аттанды. Бұл соғыста қазақ жасақтары жеңілді. Жәңгір хан осы 1652 жылғы шайқаста жоңғарлардың қолынан қаза тапты. Жәңгір хан да Түркістан қаласындағы Қожа Ахмед Иассауи кесенесінде жерленген.
Жәңгір ханнан кейін Қазақ хандығының әлеуметтік-экономикалық және саяси жағдайы нашарлады. Феодал шонжарлардың арасында алауыздықтар мен бақталастықтар өршіді. Қазақ сұлтандары ұлыстарды жеке-дара билеп, дербестенуге бой ұрды. Қазақ жүздерінің арасындағы байланыс нашарлап, олар бір-бірінен оқшаулана бастады.