1994 жылы Ғылым және жаңа технология министрлігі жанынан ғылыми-техникалық бағдарламалар мен жобаларды мемлекеттік сараптау бөлімі құрылды.
1996 жылы Қазақстан Республикасы Президентінің «Қазақстан Республикасында ғылымды басқарудың мемлекеттік жүйесін жетілдіру шаралары туралы» Жарлығы шықты.
1996 жылы мемлекет ғылыми саланы қайта жаңғыртуға, академиялық ғылымның реформалық жолдарын анықтауға бет бұрды. Осы мақсатта Ғылым және жаңа технология министрлігін, Ұлттық академияны, ауыл шаруашылығы ғылыми академиясын біріктіру жүзеге асырылды. Сөйтіп, жаңадан Қазақстан Республикасының Ғылым Академиясы дүниеге келді.
2001 жылы министрлік мақсатты бағдарламаларды қаржыландыруға көшті. Ғылыми-зерттеу институттары мұндай бағдарламаларды қорғап, конкурстық негізде жеңіп алуы тиіс.
