Бүгін БҚму құрамында 7 факультет, 24 кафедра, ғылыми орталықтар, it орталығы, лабораториялар бар

Ғылыми-зерттеу жұмыс

• БҚМУ-да ғылыми орталықтар қызмет етеді:
• Қазақстан тарихы және өлкетану орталығы;
• Биотехнология және экологиялық зерттеу орталығы;
• Аймақтық экономика мәселелері орталығы;
• «Бәйтерек» акмеологиялық орталығы;
• «Махамбет» орталығы;
• Химиялық зерттеу және технологиялар орталығы.
• 2010-2012 жылдары университетте 16 жобалар қаржыландырған, оның ішінде 13 жоба – мемлекеттік тапсырыс және бюджеттік қаржыландыру бойынша. 3 жоба шаруашылық субъекттер тапсырысы бойынша орындалған.
• М.Өтемісов атындағы БҚМУ-да ғылыми жұмыспен шұғылданатын қоғамдық жастар бірлестіктері бар «БҚО жас ғалымдар кеңесі» ҚБ, «Жас экономист» ҚЖБ, «Ақиқат» ҚЖБ. 2010-2012 жж. «БҚО жас ғалымдар кеңесі» ҚБ 11 жоба жүзеге асырылған, «Жас экономист» ҚЖБ 3 жоба ұтып алған, «Ақиқат» ҚЖБ 12 жоба жүзеге асырылған.