Ферменттердің аталуы көбінесе олардың әсер ететін заттарына сәйкес болады, яғни сол заттың атының соңынды –аза – деген жалғау қосу арқылы жүреді. Мыс.: уреаза – мочевинаны ыдыратуға қатысатын фермент.
Ферменттердің алты классы бар:
1/ Оксидоредуктаза классы – тотығу-тотықсыздану реакцияларын қатысатын ферменттер (дегидрогеназалар, цитохромдар, каталаза)
2/ Трансфераза – бір субстраттан екінші субстратқа әртүрлі химиялық топтарды тасымалдаушы ферменттер: метилтрансферазалар, ацилтрансферазалар, аминотрансферазалар, фосфотрансферазалар
3/ Гидролаза – судың қатысуымен гидролиз реакцияларын жүргізуге қатысатын ферменттер. Мыс.: эстераза, гликозидаза, фосфатаза и др.
4/ Лиаза – субстраттан химиялық топтардың судың қатысуынсыз бөлінуін қамтамасыз ететін ферменттер
5/ Изомераза – атомдардың молекула ішінде орнын ауыстырып, заттардың бір изомерінен екінші изомеріне айналуын қамтамасыз ететін ферменттер
6/ Лигаза немесе синтетаза – синтезделу реакцияларын химиялық байланыстардың АТФ энергиясының жұмсалуымен түзілуіне қатысатын ферменттер
