1861 жылы Троицкіде, басқа да қалаларда орыс-қазақ мектептері ашылды. 1867-1868 жылдардағы әкімшілік реформалары енгізілгеннен кейін және қоныс аударып келуші шаруалар қатарының арта түсуіне байланысты зайырлы мектептердің қатары көбейді. Олардағы оқу бағдарламаларын генерал-губернатордың өзі белгілеп, Халық ағарту министрлігімен келісіп алып отырды. Қазақтың балалары орыс поселкелері мен казак станицалары жанындағы мектептерде тегін немесе азын-аулақ ақы төлеп оқуға құқықты болды.
1879 жылы Торғай облысында алғашқы екі сыныптық орыс-қазақ мектебі пайда болды. 1883 жылы Орынбор губерниясының Ор қаласында қазақтарға арналған мұғалімдер мектебі тұңғыш рет ашылды. Ол мектептің ашылуына Ыбырай Алтынсариннің қосқан үлесі орасан зор болды.
1885 жылдан бастап барлық уездерде ауыл шаруашылық мектептері ашылды. Олар қазақ өлкесінде білім және қолөнер түрлерін дамытуға бағыт ұстады.
Барлық жерде бірдей болыстық орыс мектептері пайда бола бастады. Торғай, Ақтөбе, Қостанай және басқа қалаларда қыз балаларға арналған бастауыш мектептер ашылды. 1892 жылдан бастап қазақ балалары үшін ауылдық көшпелі мектептер ұйымдастырылды.
XIX ғасырдың екінші жартысынан бастап Омбы, Семей, Орал, Ақмола қалалары халыққа білім беру орталықтарына айналды. Қазақстандағы орыс тілді халықтың арасында сауатсыздардың пайызы тым жоғары болды. Мұны 1897 жылғы халық санағы айқын көрсетті.
Орысша сауат ашқан қазақтың пайызы бұдан да төмен болды. Ал мұсылманша оқып сауат ашқан дала қазақтарының саны өте көп еді. Бірақ олардың қанша пайызының сауатты екендігі халық санағын өткізу кезінде есепке алынбады.
Ресей империясы қазақтың орта және жоғары білім алуына жол бермеуге тырысты. Сауатты қазақтардың қатары өскен сайын олардың ұлттық сана-сезімі тезірек оянады деп қауіптенді. Мәселен, 1885 жылы Қазақстанда орыс мектептерін ашудың басты идеологтарының бірі Ильминский былай деп ашықтан-ашық жазған болатын: «Бізге тиімді болатьт бір жағдай бар. Ол - бұратана халықтың әрбір өкілінің орысша сөйлегенде шатасып, қысыла қызарып тұратын болуы. Ол - орысша жазғанда да аяқ алып жүргісіз қыруар қате жіберіп, өз ойын дұрыс жеткізе алмауы. Олар губернаторлардың алдында ғана емес, сонымен қатар кез келген бастықтың алдында да қалтырап-дірілдеп тұруы керек». XIX ғасырда ауыл шаруашылық және фельдшерлік мектептер ашыла бастады. Олар орта білімді дәрігер мамандарын даярлап шығарды. Алайда Қазақстанда бірде-бір жоғары оқу орны ашылған жоқ.
