Стерилизация - әртүрлі әдістермен жүргізіледі - қысым астындағы бумен, құрғақ ыстық ауамен (кептіргіш шкаф), газбен (этилен тотығы, бромды метил), химиялық заттар ерітіндісімен, радиоактивті сәулемен. Стерилизация әдісін таңдау, стерилизация нысанының ерекшелігіне және сол әдіске байланысты. Қойылған стерилизация уақытына байланысты барлық патогенді, сапрофитті, сонымен қатар споралы микроорганизмдер жойылуы керек, таңдалған әдістер, құралдар және тәртіптер сыртқы түрінің, мықтылығын, экспулатациялық сапасының және басқа стерилизацияланатын заттардың құрамының ауытқуын тудырмауы керек.
МТҚ стерилизациясы орталықтандырылған стерилизация бөлімдерінде жүргізіледі (ОСБ). ОСБ 3 аймақтан тұрады: «лас», «таза», «стерильді». Барлық аймақ қабырғалармен бөлінген. ОСБ «лас» аймағына жұмыс орнынан дезинфекцияны өткен қолданылған материал келеді. Қабылданылған лас материал сұрыпталып, бөлмеге ауысады және дезинфекцияға дайындық, стерилизация алды тазалау жүргізіліп МТҚ бақылауы іске асады. Содан кейін, шлюз арқылы (терезеше) МТҚ «таза» аймаққа ауыстырылады. «Таза» аймақта техникалық бақылау жүргізіліп, бикстерге салынады (стерилизация үдерісінің индикаторлары орналасқан). МТҚ автоклавқа салынып, шлюз арқылы «стерильді» аймаққа – дайын зарарсызданған өнімді беретін қоймаға ауысады [7].