Е.Бекмаханов қайтадан қоғамнан лайықты орын алды. Ол бір рет өзі ұйымдастырған бөлімге қайтарылды. 1964 жылы Қазақ КСР Ғылым академиясының корреспондент мүшесі болып сайланды. Өмірінің соңғы 10 жылында ол жемісті жұмыс істеді, терең мағыналы ғылыми еңбектер жазды, соның ішінде орта мектептерге арналған Қазақ КСР тарихы туралы оқулық; жас ғалымдарды даярлауға қатысты. Бүгінде оның шәкірттері ғылым докторлары дәрежесіне жетіп, тәлімгерлерінің ғылыми жұмыстарын жалғастыруда.
Қазақстан егемендік алғаннан кейін Е.Бекмахановтың «ХІХ ғасырдың 20-40-жылдарындағы Қазақстан» атты негізгі еңбегі қалпына келтіріліп, «Қазақ университеті» баспасы (қазіргі Санат) орыс және қазақ тілдерінде басылды.