Охранные мероприятия. На обработанных кустах оставляют около 15 % зеленой массы. Заготовители должны учитывать биологию растения. Эфедра очень чувствительна к режиму заготовок. Ежегодные заготовки в течение многих лет подряд наносят растениям непоправимый ущерб. После срезания зеленых побегов у эфедры отрастают новые веточки за счет пробудившихся почек, причем при весенней заготовке восстановление происходит очень медленно. При заготовке необходимо чередовать заросли для эксплуатации. Перерыв между заготовками должен быть не менее 2 лет, а на сильно истощенных зарослях – 4-5 лет.
Ввиду истощения зарослей эфедры хвощевой (заготовка на одних и тех же участках, использование на топливо) ведутся исследования возможности использования других видов: эфедры средней, или пустынной (E. intermedia Schrenk) и эфедры высокой (E. procera Fisch. et Mey.). В настоящее время изучается возможность культивирования эфедры хвощевой.
Сушка. На солнце сушить не разрешается, так как побеги теряют естественную окраску. Сушат на ветру под навесом или в тени деревьев и кустарников. Срезанную массу укладывают так, чтобы она продувалась ветром, на сухую каменистую осыпь стожками шириной 80-100 см и высотой 1-1,5 м, длина произвольная, подкладывая под них «фундамент» из камней, чтобы сырье не отсыревало. Усушка достигает 45-50 %. Допускается искусственная сушка при температуре не выше 45 ºС.