Устойчивость к антибиотикам возрастает с увеличением продолжительности лечения; поэтому, до тех пор, пока сохраняется эффективный минимум, более короткие курсы антибиотиков могут, вероятно, снизить уровень резистентности, снизить стоимость, и дать лучшие результаты с меньшим количеством осложнений.
Некоторые классы антибиотиков дают большую резистентность, чем другие. Повышение уровней зараженности инфекциями MRSA наблюдаются при использовании гликопептидных антибиотиков, цефалоспоринов, и хинолонов.Цефалоспорины, и особенно хинолоны и клиндамицин, способны с большей вероятностью приводить к колонизации анаэробными грамположительными бактериями Clostridium difficile.
Факторы, действующие в отделении интенсивной терапии, такие как механическая вентиляция и несколько сопутствующих заболеваний, также, по всей видимости, способствуют бактериальной резистентности. Плохая гигиена рук персонала больницы вызывает распространение резистентных микроорганизмов, тогда как частое мытьё рук приводит к снижению уровней заболеваемости.