Фонематикалық дислексия фонематикалық жүйе қызметінің жетілмегендігімен байланысты, яғни тілдік фонем жүйесі, онда әр бірлік мағыналы ажыратылмалы белгілердің белгілі бір жиынтығымен сипатталады. Әр фонема кез келген басқада бір мағыналы (немесе бірнеше) ажыратылмалы белгімен ерекшеленеді. Мұндай жағдайда, өзара ұқсас алыс дыбыстар туралы айтылады. Мысалы, кжәне з дыбыстары бір қатар белгілері бойынша ерекшеленеді: әдісімен, жасалу орнымен, дауыс пердесінің қатысуымен. Егер фонемалар бір мағыналы ажыратылмалы белгісімен ерекшелінсе, онда олар жақын, оппозициялық болып табылады. Мысалы, с және з дыбыстары бір белгілері арқылы ерекшеленеді (с-ысқырық, з-ызың). Сөйлеу тілінде оппозициялық фонема топтары бөлінеді (ұяң, қатаң және ысқырық, ызың т.б).
Сөздерде семантика, мағынамен байланысты, белгілі бір кезектілікте бірінің артынан бірі жүретін, сөздерде шартты түрде фонема сәйкестіктерін бөлуге болады. Сөзде бір фонеманың өзгеруі қаз-қас немесе кезектілігінің маса-сама өзгеруі мағынаның өзгерісіне немесе оның бұзылысына алып келеді.
Осыған байланысты В. К. Орфинская фонематикалық жүйенің келесі функцияларын бөледі:
мағынаны ажырату қызметі (бір фонеманың немесе бір мағыналы ажыратылмалы белгісінің өзгеруі, мағынаның өзгеруіне соқтырады);
фонемді естіп айту ажыратылымы (сөйлеу тілінің әр фонемасы басқа
фонемадан акустикалық және артикуляциялық ерекшеленеді);
фонематикалық талдау, яғни сөздерді оны құрайтын фонемаларға
бөлуі.
Балаларда ауызша сөйлеу тілінің қалыптасу үрдісінде сөйлеу қызметінің даму негізгі шартына семантикаға сүйену болып табылады (сөйлейтін балаларда мағынасы бойынша ажырату қызметі қалыптасқан).
Көптеген жағдайда балаларда фонематикалық қабылдау, талдау және жинақтау функциялары жетілмеген болуы мүмкін.
Фонематикалық дислексияны фонематикалық жүйесінің негізгі функцияларының қалыптаспағандығын есепке ала отырып екі түрге бөлуге болады.
Бірінші түрі – фонематикалық қабылдаудың дамымауымен байланысты оқудың бұзылысы (фонемді ажырату), ол әріпті меңгерудегі қиындықта және акустикалық және артикуляторлы ұқсас дыбыстарды алмастырумен (б-п, д-т, с-ш, ж-ш т.б) белгіленеді.
Екінші түрі – фонематикалық талдау функцияларының дамымауымен байланысты оқудың бұзылысы. Бұл түрде оқу кезінде қателердің келесі топтары байқалады: әріптеп оқу, сөздің дыбыстық-буындық құрамының бұзылыстары.
Семантикалық дислексия оқылған сөздерді, сөйлемді, мәтінді техникалық дұрыс оқыған жағдайда оқығанын түсінуінің бұзылуымен сипатталады, яғни оқу үрдісінде сөздер, сөйлем, мәтін бұзылысқа ұшырамайды. Бұндай бұзылыстар буындық оқуда білінеді. Сөзді буындап оқығаннан кейін балалар сәйкес суретті көрсете алмайды, жақсы таныс сөздің мағынасымен байланысты сұраққа жауап бере алмайды. Оқылған сөйлемдерді түсінудің бұзылысы синтетикалық оқу кезінде (сөзді тұтас оқу) байқалуы мүмкін.
Оқығанды түсінудің бұзылысы екі фактормен байланысты: дыбыстық-буындық синтездің қиындығы және сөйлем ішіндегі синтаксистік байланыстар туралы түсініктердің дифференциациясының жоқтығымен.
Оқу үрдісі кезіндегі сөзді буындарға бөлу – оқығанды түсінбеудің бірден-бір себебі. Фонематикалық және буындық синтездің бұзылысы салдарынан балалар буындап оқу үрдісінде, егер олар бөлшектерге бөлінген болса, сөзді танымайды, кезекпен айтылған буындарды біртұтас етіп біріктіре алмайды. Олар оқығандарын түсінбей, механикалық түрде жалғастыра береді. Балаларда синтездеу, буынға бөлінген ауызша сөйлеу тілін ойша қалыпқа келтіру қабілеттері жеткіліксіз қалыптасқан болады.
Семантикалық дислексиясы бар балалар келесі тапсырмаларды орындауда қиындық көреді: а) қысқа кідіріспен оқшауланған кезекпен берілген дыбыстарды біріктіріп сөз айтуда (қ, а, л, а); б) буындап берілген сөз және сөйлемді айтуда (ба-ла та-мақ іш-ті).
Оқылған сөйлемді түсінудің бұзылысы сөйлемде сөздердің синтаксистік байланысы туралы түсініктерінің қалыптаспағандығымен байланысты. Онымен бірге оқу үрдісі кезінде сөйлемдегі басқа сөздермен байланыссыз, сөздер оқшауланған түрде қабылданады.