За открытие Джезказганского месторождения Каныш Сатпаев в 1940 году был удостоен высшей награды страны — ордена Ленина.
В 1941 году Каныш Сатпаев был назначен директором Института геологических наук и заместителем председателя Президиума казахского филиала Академии наук СССР.
Вскоре после начала Великой Отечественной войны, в августе 1941 года, немецкая армия захватила Никополь, основное месторождение марганца в Советском Союзе. В конце ноября того же года она перерезала железнодорожный путь к Чиатурскому месторождению, второму по значимости после Никополя. Это практически полностью остановило добычу марганца в СССР, так как эти два месторождения давали 91,6% марганцевой руды Советского Союза. Встал критический вопрос о поиске новых марганцевых месторождений. Каныш Сатпаев увидел марганцевые проявления в Джезды, что в Джезказганской области, ещё в 1928 году. 12 июня 1942 года Джездинский рудник начал давать марганец. Этот день считается официальным днём рождения рудника. К 1943 году рудник выдавал 70,9 процента марганцевых руд страны.
В 1942 году Сатпаеву присудили Сталинскую премию за монографию «Рудные месторождения Жезказганского района», обобщавшую исследования, полученные им за 15 лет изучения региона. Помимо этого, к тому моменту Канышем Сатпаевым было опубликовано более сорока научных трудов. По совокупности работ 17 августа 1942 года Высшая аттестационная комиссия присвоила геологу степень доктора геолого-минералогических наук.
В 1944 году Президиум Верховного Совета КазССР присвоил Сатпаеву звание «Заслуженный деятель науки Казахской ССР».
В 1945 году, учитывая быстрые темпы развития КазФАН СССР, его руководитель Сатпаев был награждён вторым орденом Ленина. Также он был удостоен ордена Отечественной войны 2-й степени.
1 июня 1946 года в здании театра оперы и балета им. Абая состоялась официальная церемония открытия Академии наук КазССР. 3 июня, на первом общем собрании Академии, состоявшемся в зале заседаний Президиума Верховного Совета КазССР, Каныш Сатпаев был избран её академиком и президентом. В том же году Сатпаев был избран академиком Академии наук СССР и депутатом Верховного Совета СССР Второго созыва.