беременность (для части упражнений, предполагающих интенсивной скручивание и прогибы в спине);
наличие доброкачественных или злокачественных новообразований (благодаря стимуляции кровообращения, регулярное выполнение гимнастики по рассматриваемой методике может привести к увеличению роста опухоли);
хронические заболевания, находящиеся в стадии обострения (особенно актуально для патологий дыхательной системы, например, бронхиальной астме);
наличие острых воспалительных или инфекционных заболеваний, сопровождающихся повышенной температурой тела, кашлем или выделением слизи из носовых пазух (после перенесенного ОРВИ или ОРЗ выполнять упражнения по методике айкуне разрешено не ранее, чем через 5 дней после полного выздоровления);
тяжелые формы расстройства центральной нервной системы;
детский возраст до 6-7 лет (это противопоказание связано тем, что дети в таком возрасте не способны строго следовать инструкции в выполнении упражнения, а также не умеют всецело концентрироваться на занятии, отвлекаясь от окружающих их внешних факторов. Такое выполнение нагрузок может привести к получению травм неокрепшей детской костной системы).