40 жылдардың екінші жартысы мен 50 жылдарды қамтиды. Бұл кездегі саяси қуғын-сүргіндердің тоқпағы алдымен тағы да интеллигенцияға қарсы бағытталып, елдің зиялы қауымын қудалау және жәбірлеу буржуазияшыл ұлтшылдар мен тексіз (отансыз) коспополиттермен деген ұраншылдықтың аясында жүргізілді.
Соғыстан кейінгі жылдарда, бір өкініштісі, зиялы қауымға қарсы сталиндік қуғын-сүргін саясатының жаңа толқыны басталды. Ленинград пен Мәскеуде идеологиялық тапсырма непзшде қолдан жасалған «Ленинград ісі", «Дәрігер-лер ісі», ал Қазақстанда «Бекмаханов ісі» ұйымдастырылды. Е. Бекмаханов талантты тарихшылардың бірі еді. Соғыс жылдарында белгілі ғалымдармен, тарихшылармен бірге ғылыми шығармашылық жұмыспен белсенді айналыс-ты. Мысалы, соғыс жылдары А. Кучкин, А. Панкратова, Б. Греков, Н. Дружи-нин сынды белгілі ғалымдар енген авторлық ұжымның құрамында «Қазақ КСР тарихын» жазуға қатысты. Бұл аса құнды еңбек 1943 жылы жарық көрді. 1947 жылы Е. Бекмаханов «XIX ғасырдың 2о10 жылдарындағы Қазақстан» атты іргелі ғылыми монографиясын дайындады. Алайда еліміздің идеоло-гия саласын басқарып отырған адамдар Кенесары Қасымұлы бастаған ұлт-азаттық кетеріліске қатысты ғалымның көзқарасы ұлтшыл әрі саяси зиянды деп бағалады. Сол себепті 1952 жылы Е. Бекмаханов 25 жылға сотталып, тек И. Сталин өлгеннен кеиін ғана, 1954 жылы көктемде ақталды. Саяси айып тағылып, ғалымдар қатарында А. Жұбанов, Қ. Жұмалиев, Б. Сүлейменов, Қ. Мұхамедханов, жазушы Ю. Домбровский және т.б. қудаланды. Қ. Сәтбаев пен М. Әуезов саяси қысымның нәтижесінде еріксіз Қазақстаннан Мәскеуге кетуге мәжбүр болды
Ермұхан Бекмаханов Воронеж педагогика институтын бітірген тарихшы ғалым болды. Е. Бекмаханов 1943 жылы «Қазақ ССР тарихы» атты еңбек жазып, 1946 жылы докторлық диссертация қорғады. 1947 жылы диссертациясын «XX ғасырдың 20–40 жылдарындағы Қазақстан» тақырыбында монография етіп шығарды. Е. Бекмаханов бұл еңбектерінде 1837–1847 жылдардағы Кенесары Қасымұлы бастаған көтеріліс туралы кең көлемде жазған болатын. Осыған байланысты Е. Бекмахановқа Ресейге қарсы көтерілісті жақтаған, Кенесары қозғалысын ақтауға тырысқан буржуазияшыл, ұлтшыл деген айып тағылды. 1950 жылдан бастап коммунистік партия баспасөз арқылы Е. Бекмахановты ашық айыптай бастады.
1951 жылы ҚазКСР-нің Жоғарғы соты Е. Бекмахановты айыпты деп тауып, 25 жылға бас бостандығынан айырды. Ол Гулаг лагеріне жазасын өтеуге жіберілді. Е. Бекмаханов 1954 жылы ақталып түрмеден босады. Оның бостандыққа шығуына А. М. Панкратова, А. П. Кучкин сияқты ғалымдар көп көмек көрсетті. Е. Бекмаханов ақталып шыққаннан кейін, өзінің ғылыми педагогикалық жұмысын жалғастырды. Е. Бекмаханов 1966 жылы қайтыс болды.
Саяси жазалау науқаны Қазақ КСР ҒА президенті, академик Қ. Сәтбаевты, ғұлама ғалым Ә. Марғұланды да айналып өтпеді. Сонымен қатар, биология, медицина, геология ғылымының ғалымдары да қуғынға ұшырап, университеттерден шығарылды.
Әдебиет, ғылым, мәдениет өкілдеріне, зиялы қауымға бағытталған «ұлтшылдыққа» айыптау, қудалау науқаны қазақ қоғамын өз тарихы мен мәдениетіне, өз ұлтының ұлы тұлғаларына күйе жағуға мәжбүрледі.