Татаро-монгольское иго на несколько столетий затормозило развитие культуры, науки и медицины в восточно-русских землях. Еще в Х1У и ХУ веках на московской Руси не было научных центров изучения медицины, обучения хирургии не проводилось. Оказание хирургической помощи проводилось лекарями, основывающихся в своей деятельности на народную медицину. Среди них выделяли лечцев, кровопусков, костоправов, зубоволоков, камнесечцев, очных мастеров. Укрепление централизованного Московского государства в 16-17 веках благоприятно сказалась на развитии в этот период хирургии. В конце 16 века для организации медицинского дела был учрежден Аптекарский приказ, который являлся руководящим медицинским учреждением. В его обязанности входила подготовка врачей. В России обучению оказанию хирургической помощи стали уделять внимание раньше, чем в Европе. Первые костоправные школы были учреждены в Московии царем Алексеем Михайловичем в 1654 г. Хирургическая помощь в тот период оказывалась царскому окружению, боярам иностранными врачами, а для нужд армии и гражданского населения готовили приказных лекарей. Следует отметить, что в России в отличие от Западных стран не было унизительного разделения врачей на докторов и хирургов. Любой русский врач должен был владеть хирургическими манипуляциями, и при получении звания врача получал набор хирургических инструментов. Система подготовки приказных лекарей была следующей. Из грамотных детей стрельцов, ремесленников набирали обучающихся. Обучение проводили иностранцы или свои лекари с большим опытом. Учеба длилась 5-6 лет. После этого только присваивалось звание лекаря. Приказные лекари осуществляли перевязку ран, остановку кровотечений, лечение переломов и вывихов, производили ампутации, вскрывали гнойники, удаляли секвестры.
В 17 веке вновь начали создаваться стационары, в том числе хирургические. В начале они создавались при осаде городов вражескими войсками, а в 1682 году указом царя в Москве был открыт первый стационарный госпиталь. Ради справедливости следует отметить, что в этот период Российское государство находилось в некоторой самоизоляциии, поэтому многие научные медицинские открытия или не доходили или доходили из Европы со значительным опозданием. Значительный прогресс в развитии хирургии, как и в прочем многих других сторон жизни, связан с именем Петра I. Поэтому анатомический период для русской хирургии наступил во времена его правления.