Ультракүлгін микраскопиясы негізінде жарық түсіруге қолданған ультракүлгін сәулелерді зерттелінуші ұлпалар мен жасушалар құрылымдарының талғамды түрде жұтуы жатады. Ультракүлгін сәулелерінің толқын ұзындылығы спектордың көрінетін бөлігінен сәулесімен салыстырғанда, шамамен екі есе қысқа (0.2 мкм). Сондықтан, ультракүлгін микроскобының айқындағыштық қабылеті жай жарық микроскобынан екі есе жоғары. Ультракүлгін микраскобы қалыптастыратын көзге көрінбейтін бейнені микраскоптың арнайы бөлшектері (люминисценциялық экран, электрон-оптикалық өзгерткіш) арқылы өзгертіп көруге болады.
