Эндогенные гипоксические состояния в большинстве случаев являются результатом патологических процессов и болезней, приводящих к недостаточному транспорту к органам кислорода, субстратов обмена веществ и/или использования их тканями. Гипоксия различной выраженности и длительности может развиться также в результате существенного увеличения потребности организма в энергии в связи со значительно значительно возросшими нагрузками на организм (например, при чрезмерной физической нагрузке).
