Оқуын бітіріп, Омбыға оралғанда Ә.Бөкейхан Ресей империясының қазақ даласына жүргізген отаршылдық саясатына деген өзіндік көзқарасы қалыптасқан, марксизмнің экономикалық қағидаларымен қаруланған, саяси астыртын күрестің түрлері мен әдістерін үйреніп, білген, күрес тартыстан біршама тәжірибесі бар саяси күрескер болатын. Ол Омбыға келісімен қаланың саяси әлеуметтік, қоғамдық жұмысына белсене араласады.
«Народная свобода» (Халық бостандығы) партиясының қатарына өтіп, өзі қазақ зиялылары мен саяси белсенділерінің арасында осы партияның шағын тобын ұйымдастырады. Әлиханның саяси көзқарасының пісіп-жетілуіне, кейін белгілі саяси, қоғам, мемлекет қайраткері әрі қазақ ұлт-азаттық қозғалысының ұйымдастырушысы және көсемі ретінде танылуына, саяси күрескер ретінде шыңдалуына Омбыдағы күндері ерекше ықпал етеді.
1905 жылдан бастап Ресей конституциялық-демократиялық партиясының (кадеттер) мүшесі, оның қазақ бөлімшесін құру мақсатында Оралда, Семейде жиындар өткізген. Қарқаралыда патша өкіметінің отаршылдық саясатына қарсы өткен қозғалысқа қатысып, 14 500 адам қол қойған Қарқаралы петициясын ұйымдастырушылардың бірі болған.
1905 жылы Әлихан Бөкейхан Семей облысы қазақтарының атынан 1-ші Мемлекеттік думаға депутат болып сайланды. Бірақ ол 1-ші Мемлекеттік дума жұмысына қатыса алмады. Өйткені Ә.Н. Бөкейхан өз жұмысын бастаған кезде Дала өлкесі генерал-губернаторының негізсіз жарлығымен, соттың тергеуінсіз, 3 ай Павлодар абақтысында отырды.
Абақтыдан шығып Санкт-Петербургке жеткенде, Дума патшаның үкімімен таратылып, оның біраз мүшелері наразылық актісін қабылдау үшін сол кездегі Финляндияның Выборг қаласына жүріп кеткен еді. Ә.Н. Бөкейхан да солардың артынан аттанып, Выборг үндеуіне қол қойды. Сол үшін жазаға тартылып, Санкт-Петербург сот палатасының төтенше мәжілісінің шешімімен 3 айға Семей түрмесіне жабылды.
Әлихан Бөкейхан портреті, 1915 ж.
1906 жылы Омбыдан шығатын кадеттік «Голос степи», «Омичъ» және «Иртышъ» газеттерінде; 1908 жылы Санкт-Петербургте жарық көрген меньшевиктік «Товарищъ», кадеттік «Речь», «Слово» газеттерінде редакторлық қызмет атқарды.
1909-17 жж. «Дон егіншілік банкі» бөлімшесінде жұмыс істеді.
1911-14«Қазақ» газетін ұйымдастыруда және оның жалпы ұлттық деңгейге көтерілуіне зор еңбек сіңірді.
20 ғасырдың басында қазақ даласында екі ағымның болғаны белгілі. Бірі Бұқар мен Түркістан өлкесіне бет бұрған дәстүршіл, панисламшыл ағым, екіншісі негізінен Батыс өркениетін үлгі тұтқан жаңашыл, пантүркішіл ағым. Осы екінші ағымның басында Әлихан бастаған орыс мектептерінен тәлім-тәрбие алған озық ойлы қазақ зиялылары тұрады. Бұл топ саяси ұстамдылық танытып, Ресей империясына қарсы ашық күреске шығудың әлі ерте екенін анық түсінеді. Сондықтан олар, ең алдымен, халықтың сана сезімін оятатын жағдай жасау керек деп білді.
Бар күш-қуаттарын осы мақсатқа жұмылдырады. Бірақ олардың ойдағыдай жұмыс істеуіне жандармерия басқармасының жансыздары мүмкіндік бермейді. Солардың көрсетуімен қуғынға түседі, түрмеге қамалады. Бұдан студент кезінде-ақ сенімсіздердің қара тізіміне ілігіп, бақылауда жүрген Әлихан да тыс қалған жоқ, алдымен, Семей түрмесіне қамалып, кейін Самар қаласына жер аударылып, онда тек ғылыми-шығармашылық қызметпен айналысуға ғана мәжбүр болды.
1916 жылы жер аудару мерзімі бітіп, Самардан Орынборға келген Әлихан бірден қаланың қоғамдық, саяси өміріне араласып кетеді. Қаланың қазақ тұрғындары атынан қалалық думаға сайланады.
Бүкіл мағыналы өмірін халқының азаттық алып, еркін ел болуына арнаған аяулы азаматтың соңғы демі біткенше сол мақсат жолында жасаған қызметі сан қилы. Ол Ресей жергілікті және қалалық қоғам қайраткерлері съезінің делегаты, Ресейдің I Мемлекеттік думасының және мұсылман халықтары съезінің депутаты, IV Мемлекеттік Думаның мұсылмандар фракциясының Бюро мүшесі болды.