Негізгі ботаникалық пән — өсімдіктер систематикасы — бөліседі алуан өсімдік әлемнің соподчиненные бір-біріне табиғи топ — таксоны (классификациясы) белгілейді ұтымды жүйесін, олардың атаулары (номенклатура) және анықтайды туыстық (эволюциялық) өзара қарым-қатынасы, олардың арасындағы (филогения). Өткен систематикасы основывалась сыртқы морфологиялық белгілері өсімдіктер мен олардың географиялық таралуы, енді белгілі принциптер бойынша жүйелеу жолдары кеңінен пайдаланады, сондай-ақ белгілері ішкі және өсімдіктер құрылысының ерекшеліктері, құрылыстар өсімдік жасушалары, олардың хромосомалық аппаратының, сонымен бірге химиялық құрамы мен өсімдіктердің экологиялық ерекшеліктері. Белгілеу түрлік құрамын өсімдіктердің (флора) қандай да бір белгілі бір аумақта әдетте деп аталады флористикой анықтау, таралу облыстарының (ареалдарының) жекелеген түрлерін, тектері мен тұқымдастығы — хорологией (фитохорологией). Зерттеу ағаш және бұталы өсімдіктердің бөледі ерекше тәртіпті — дендрологию.
Ботаника жалпы биология ғылымының негізгі бөлімдерінің бірі болып табылады. Ол өз кезегіңде бірқатар жекелеген ғылымдарға бөлінеді. Олардың міңдеттеріне өсімдіктер мен өсімдіктер жабынының құрылысының және тіршілік жағдайының әртүрлі заңдылықтарын зерттеу жатады.
Ботаниканың бөлімдері
Өсімдіктердің морфологиясы — ботаниканың ең үлкен және ең ерте қалыптасқан бөлімдерінің бірі. Бұл өсімдіктердің жөне олардың жекелеген органдарының пайда болып қалыптасуының және әртүрлі тіршілік формаларының6 дамуының заңдылықтарын зерттейтін гылым. Сонымен бірге морфология өсімдіктердің органдарының түзілуін және дамуын, жекелеген особьтардың түқымнан пайда болуынан бастап өмірінің соңына дейін (онтогенезін) және осы особь жататын тұтастай түрдің немесе кез келген систематикалық топтардың тарихи даму барысын (филогенезін) ескере отырып қарастырады. Морфологияның дамуына байланысты, оның белгілерінің негізінде бүрынғыдан да көбірек мамаңцанған ғылымдар пайда болды: цитология (өсімдіктердің негізгі структуралық бірлігінің, яғни клеткасының құрылысының қалыптасуының заңдылықтарымен дамуын зерттейді); гистология немесе анатомия (өсімдіктердің оргаңдарын түзетін әртүрлі ұлпалардың қалыптасуын, дамуын және құрылысын зерттейді); эмбриология (ұрықтың дамуының заңдылықтары мен құрылысын зерттейді); оргонография (өсімдіктердің органдарының, ягни тамырының, сабағының, жапырағының, гүлінің, жемісінің және т.б. мүшелерінің пайда болуын, дамуын жөне құрылысын зерттейді); палинология (тозаңдар мен споралардың морфологиясын зерттейді).