Матрицалық құрлым екі құрлымды – линиялық функционалдық және бағдарламалық – мақсаттық құрлымдарды үйлестіру жолмен ұйымдастырылады. Бірінші құрылымға сәйкес ұйымдағы жекелеген қызмет салалары, ғылыми – зертеу, конструкторлық іздестіру, тәжірбиелік қндіріс, сынау т.б. бойынша басқару ісі құрылады. Линиялық құрылымдағы басқару қарым – қатынасы тікелей байланыс түрінде қалыптасады.
Екіншісі құрылымға сәйкес бағдарламаларды басқару ұйымдастырылады. Бағдарламаларды басқаруды қамтамасыз ету үшін бағдарлама басшысы тағайындалады. Бағдарлама басшысы – бұл типтегі басшы. Ол бір проблема бойынша жұмыс істейтін ұйым басшысы секілді басқаруды қамтамасыз етеді. Оның мақсаты – ұйым ішіндегі кедегілерді жеңу, линиялық құрылым элементтеріндегі туындайтын мүдде қайшылықтарын жою.
