Москва мен Ленинградта “Лениградтық іс”, “Дәрігерлер ісі” жүргізіліп жатқанда Қазақстанда талантты тарихшы “Бекмахановтың ісі” ұйымдастырылды. Е.Бекмаханов соғыс жылдары А.П.Кучкин, А.М. Панкратова, Б.Д. Греков, Н.М. Дружинин және тағы басқа кеңес тарихшыларымен бірлесіп Қазақ КСР тарихын даярлаған болатын. Кітап 1943 жылы баспадан жарық көрді. Алғашқыда еңбек жоғары бағаланғанына қарамастан, көп ұзамай сынға алынып, әсіресе, кітаптағы ұлт-азаттық көтерілістерге берілген баға қызу айтыс тудырды. Е.Бекмахановтың 1947 жылы жарық көрген “Қазақстан XІX ғасырдың 20-40 жылдарында” деген көлемді еңбегі де сынға ұшырады. 1950 жылы “Правда” газетіндегі “Қазақстан тарихының мәселелерін маркстік-лениндік тұрғыдан жазу үшін” деген мақалада Е.Бекмаханов еңбегі айыпталды. 1951 жылы 10 сәуірде Қазақстан Компартиясының Орталық Комитеті “Правда” газетіндегі мақала бойынша қаулы қабылдап, “Бекмахановтың буржуазиялық-ұлтшылдық көзқарасын айыптады”. Қаулыны жүзеге асыру барысында тарих ғылымдарының докторы Е.Бекмаханов Ғылым академиясындағы қызметінен босатылып, барлық ғылыми атақтарынан айырылып, 1952 жылы 4-желтоқсанда 25 жылға сотталды. Е.Бекмахановпен қатар республиканың көрнекті қоғамтану ғалымдары А.Жұбанов, Х.Жұмалиев, Б.Шалабаев, Б.Сүлейменов, Е.Смайлов, жазушы Ю.Домбровский осындай жалған айыптармен жазаланып, сондай-ақ Ә.Марғұлан, Ә.Әбішев, С.Бегалин секілді ғалымдар мен жазушылар саяси және буржуазиялық-ұлтшылдық қателіктер жіберді деп айыпталды.
