Могулистана При Тоглук-Тимуре ислам был государственной религией. Тоглук-Тимур насильственно обращал в ислам население Могулистана. М.Х.Дулати писал: «...только за один день было обращено в ислам 160 тысяч человек». По приказу хана, тех, кто отказался от принятия ислама, приговаривались к смертной казни. Внешнее положение Могулистана В своей внешней политике Тоглук-Тимур пытался восстановить на территории Средней Азии (на всех землях бывшего Чагатайского улуса) свою власть. В 1360-1361 гг. он дважды совершил походы в Мавераннахр. Он возвел на ханский трон Мавераннахра своего сына Ильяса-Ходжу. После смерти Тоглук-Тимура Ильяс-Ходжа покинул Мавераннахр, чтобы заняться делами престолонаследия. При Ильясе-Ходже (1362-1380 гг.) в Могулистане начинается период феодальной раздробленности. В Могульском ханстве господствовали знатные эмиры из племени дулат Камар ад-дин и Шамс ад-дин. Решив воспользоваться нестабильной обстановкой в государстве, поневоле признававший власть Тоглук-Тимура над собой, эмир Тимур поднялся на борьбу против Ильяса-Ходжи. В 22 июня 1365 г. под Ташкентом между Ильясом Ходжой и Тимуром произошла известная в истории «Батпактинская битва» («Грязевая битва»). С обеих сторон погибло около 10 тысяч человек. Победу одержал Ильяс-Ходжа. Он осадил город Самарканд, но взять город не удалось. Среди конницы могулов началась эпидемия конской чумы. Могульские ханы не смогли восстановить свою власть в Мавераннахре.
После смерти Ильяса-Ходжи эмиры племени дулат Камар ад-дин и его младший брат Шамс ад-дин возвели на ханский трон несовершеннолетнего Хизр-Ходжу, последнего потомка Тоглук Тимура. Распад Могульского ханства Захвативший в 1370 г. власть в Мавераннахре эмир Тимур начал войну против Могулистана. 1-ый поход был совершен в 1371-1372 гг. Эмир Тимур дошел до города Алмалык, но не сумел взять его. В 1375-1377 годах эмир Тимур совершил очередной военный поход, он дошел до жетысуской реки Чарын, победил войско могульского военоначальника Камар ад-дина. В 1380-1390 гг. Тимур несколько раз совершал набеги на Могулистан. Общее количество войск Тимура составляло 120 тысяч человек.
Внешнее положение Могулистана осложнилось завовевательными походами ойратов (калмаков) в начале XIV в. После опустошительных набегов на Могулистан в 1380-1390 гг. хан Хизр-Ходжа (1380-1399 гг.) признал свою вассальную зависимость от эмира Тимура. После смерти эмира Тимура, в период правления Мухаммед хана, наследника хана Хизр-Ходжи, Могулистан вновь обрел свою независимость. Мухаммед хан использовал внутренние междоусобицы среди потомков эмира Тимура. Внуки Тимура Ахмед мырза и Улугбек боролись за овладение Ферганой. Мухаммед выступил на стороне Ахмеда, и они одержали победу. После смерти Мухаммед хана в Могулистане вновь начались раздоры. Внук Тимура Улугбек возвел на трон Могулистана Шер-Мухаммеда, внука своего сторонника Хизр хана. Его противники избрали ханом Могулистана второго внука Хизр-Ходжи – Уаиса. В ответ на это в 1425 году Улугбек совершил поход на Могулистан и подверг страну разорению. После смерти Уаис хана в 1428 году Могулистан вновь оказался раздробленным на части. Сыновья Уаис хана – Жунус и Есен-Буга боролись за власть. При поддержке эмиров племени дулат Есен-Буга занял трон (1433-1462 гг). Жунус обратился за помощью к потомку Тимура Абу Саиду. После смерти Есен-Буги в 1462 году Жунус из Жетикента (под Ферганой) возвратился в Могулистан и объявил себя наследником ханского трона. Распад Могулистана начался в период правления внука Жунус хана Абд арРашида. Постепенно территория Жетысу отошла от Могулистана к Казахскому ханству.