Бактериологиялық әдіс ең өзгеше әрі нақты. Стерилизаторға тірі тест-ағзамен флакон немесе бак.тестер қағазды ыдыста орналастырылады, олар зарарсыздандыру нәтижесінде өздерінің тіршілікке бейімділігін жоғалтады, осыған байланысты осы әдісті қолданады. Сонан соң, бұл микроорганизмдердің қоректік ортаға орнатылуы және олардың зарарсыздандырудан кейінгі тіршілікке қабілеттілігі белгіленеді. Бұл әдіс белгілі бір уақытты қажет етеді, бірақ ол стерилизатордың жұмысын әр түрлі режимдерде тексеру қабілетін иеленеді.
Бұл әдістің белгілі кемшіліктері бар: тест-ағзаның зарарсыздан-дырудан кейін қоректік ортаға орынауыстырылуына белгілі бір уақыт және асептикалық жағдайлар қажет [6, 7, 32].