Туған жері қазіргі Шығыс Қазақстан облысыныңАбай ауданындағыШыңғыстау бөктерінде 1858 ж. шілденің 11-де дүниеге келген. Оның әкесі Құдайберді Құнанбайдың үлкен бәйбішесі Күнкеден туған, Абаймен әкесі бір, шешесі бөлек. Шәкәрім сонда Абайға немере іні болып келеді.
Шәкәрім бес жасында оқуға беріліп, екі жылдай оқиды. Құдайберді отыз жеті жасында дүниеден өткенде, атасы Құнанбайдың тәрбиесінде болған Шәкәрім жетімдік тауқыметін тарта қоймаған. Өзінің «Мұтылғанның өмірі» атты ғұмырнамалық өлеңінде бес жасында ауыл молдасынан сабақ ала бастағанын жазады. Атасы оның көңіліне қаяу түсірмей, бетінен қақпай, еркелетіп өсіреді: ол жөнінде ақынның өзі: «қажы марқұм мені „жетім“ деп аяп, қысып оқыта алмай, жетімді сылтау етіп, ойыма не келсе, соны істеп ғылымсыз өстім» деп өкіне еске алады. Алайда ақылды бала өсе келе тез ес жиып, жеті жасынан бастап өлең сөзге бейімділігін танытады.
