ШОҚАННЫҢ ҚАШҚАРИЯҒА САПАРЫ
1858-1859 жылдардағы Қашқарияға сапары Ш. Уәлихановтың ғылым, ағартушылық саласындағы шығармаларының жаңа белеске көтеріліп, дәуірлеп өсуіне жол ашты. XIII ғасырдың соңғы ширегінде Марко Поло, содан 1603 жылы саяхатшы Гоес қана болған Қашқарияның географиясы, саяси құрылымы, мәдениеті мен тұрмыс-салтының ерекшелігі туралы үш жарым ғасыр бойы Еуропа ғылымында елеулі мәлімет болмаған. Еуропалықтарға жабық болып есептелетін Қашқария билеушісі Уәлихан төре Шоқаннан бір жыл бұрын Үндістан арқылы барған немістің белгілі географы Адольф Шлагинтвейттің басын кескен болатын. Экспедицияны Қашқарияға жіберу туралы шешімге 1857 жылы тамыздың 22-сінде II Александр қол қойған.
Соғыс министрі Сухозанеттің тапсыруымен экспедицияны ұйымдастырған Гасфорт Айрықша Сібір корпусында Шоқан Уәлихановтан басқа офицердің экспедицияны басқара алмайтындығын ескерткен. Сөйтіп, Жетісуда жүрген Уәлиханов экспедицияға аттануға тиісті Қарамола жотасының етегіндегі Сарыбас ауылына 1858 жылы маусымның 28-інде келіп, Семейде жабдықталған арнаулы керуенге қосылды. Қыркүйектің 19-ында керуен Зауқы өзеніне жетіп, Сырт арқылы Қашқарияға бет алған. Зауқы асуының оңтүстігінде Тянь-Шаньның Сырт деп аталатын биігінде Уәлихановқа дейін география тарихында ешбір географ болған емес. Сырттың өсімдік және жануарлар дүниесінің ерекшеліктерін, табиғаты мен климатын әлемдік география ғылымында тұңғыш рет Шоқан Уәлиханов сипаттап берген. Қашқарияда 1858 жылғы қазанның 1-інен 1859 жылғы наурыздың ортасына дейін болған Шоқан Қашқар қаласы мен Алтышаһар елін зерттеген. Ол кезде Алтышаһар деп солтүстіктен Тянь-Шань, оңтүстіктен Кунь-Лунь тауы қоршап тұрған Қашқар, Ақсу, Үштұрпан, Янысар, Яркенд, Хотан қалаларын атайтын. Қоқан ханының Қашқардағы сауда консулы әрі саяси резидентінің жәрдемімен Уәлиханов Қашқардың экономикасы, саяси құрылымын зерттеп, тарихы мен этнографиясынан көптеген материалдар жинаған. Әр аймақтан келген саудагерлермен, Қашқарияның саяси қайраткерлерімен, ғалымдарымен, ақындарымен кездесіп, Алтышаһардың өткен тарихы мен бүгінгісі туралы нақтылы деректерді анық білетін кісілерден алып отырған. Жергілікті ғалымдардан сирек кездесетін шығыс қолжазбаларының бірнешеуін қолға түсіріп, нумизматикалық коллекция, гербарий, тау жыныстарының коллекциясын жасаған. Осы экспедиция барысында ол бейтаныс елді жанжақты сипаттайтын, әскери, саяси-экономикалық, сауда-саттық жағынан үкіметке де, ғылымға да керекті бай материал мен сирек кездесетін деректер әкелген. Оның материалдары көп ұзамай неміс және ағылшын тілдерінде жарияланған. Осыдан кейін Петербордағы ғалымдар, Бас штаб пен Сыртқы істер министрлігі Азия мәселесі жөнінен Шоқанды үлкен бедел тұтқан. Солардың ұсынысымен II Александр патша Ш. Уәлихановты Азия департаментіне қалдыру туралы 1860 жылы маусымның 15-інде бұйрыққа қол қойған. Петерборға келген Шоқан бірнеше мекемеде, яғни Бас штабтың әскери-ғылыми комитетінде, Азия департаментінде, Орыс география қоғамында қатар жұмыс істеп, Петербор университетінде лекция тыңдаған. Бас штабтың әскери-ғылыми комитетінің тапсыруы бойынша Орталық Азия мен Шығыс Түркістанның карталарын жасаған. Оның редакциясымен «Балқаш көлі мен Алатау жотасы аралығының картасы», «Құлжа қаласының жобасы», «Ыстықкөл экспедициясының қорытындысына қосымша карта» т.б. дайындалған. Орыс географиялық қоғамы мүшелеріне Шығыс Түркістан, Тянь-Шань, Жетісу тақырыбы бойынша лекция оқыған.
Аз ғана өмірінде Шоқан Уәлиханов Орталық Азия халықтарының тарихына, географиясына, фольклорына және қоғамдық-саяси құрылысына арналған көптеген құнды еңбектер қалдырған. Қазақстан географиясында Балқаш пен Алакөлдің бұрын біртұтас су айдыны болғандығы және Жоңғар қақпасынан соғатын Ебі желі туралы ғылыми деректерді алғаш келтірген. Ортағасырлық деректер мен ауыз әдебиеті үлгілері негізінде «Қазақ шежіресі» атты еңбек жазған. 1856-1858 жылдары ол Жетісуда Алматы, Қойлық, Алмалық қалаларының ескі жұртын зерттеп, көне заманның теңге ақшаларынан коллекция жасаған; Іледегі Таңбалы тас мекенін, Шолақтау мен Жоңғар қақпасындағы жартас жазуларының көшірмесін жасаған және Аягөз бен Ыстықкөл, Құлжа, Қашқар сапарының күнделіктері, «Көкетай ханның асы», «Оңтүстік Сібір тайпаларының тарихы туралы пікірлер» – бәрі де сол кезеңнің үздік туындылары.