Көк жасыл балдырлардың жасушасында қалыптасқан ядросы, хроматофорасы және клетка шырынына толы вакуолі болмайды.
Клетка қабықшасы негізінен пектинді заттардан тұрады және шырышпен қапталған.
Клетка қуысы цитоплазмамен толтырылған,ол 2 қабаттан тұрады: 1.Хроматоплазма-мембраналар мен пигменттерден тұрады,көк-жасыл түске боялған 2.Центроплазма-ДНҚ-дан тұратын түссіз ортаңғы бөлік.
Клетка құрылысы жағынан дробянкаларға ұқсас болып келеді.
Көп клеткалы көк-жасыл балдырлар әдетте жіп тәрізді болып келеді.Жіп тізетін біртектес клеткалардың ішінде гетероциста деп аталатын біршама үлкен,қабығы қалың ,клеткаларының ішіндегі тірі заттарынан айырылған,сарғыш-қоңыр түсті өлі клеткалар болады.
