2004 жылдан бастап көші-қон ағысының қарқыны төмендеп, халық саны өсіп, миграциялық үрдістің екінші кезеңі басталды. Өсудің негізгі көзі табиғи өсім болды. Бұл өсім мұсылман-түркі халықтарында (қазақ, өзбек, қырғыз, әзірбайжан, түрік, түрікмен, ұйғыр, дүнген, тәжік) айқын байқалды. 2004–2009 жылдары республика халқының саны 826,9 мың адамға көбейді. 2020 жылы Қазақстан Республикасы халқының саны 19 миллионға дейін жетті.
Тәуелсіздік жылдары ішкі көші-қонның негізгі бөлігі ауылдық жерлерден ірі қалаларға көшумен жалғасты. Еңбек мигранттарының едәуір бөлігін қазақ жастары құрады. 1994 жылдан 1998 жылға дейін ауылдық округтер саны 2522-ден 2042-ге қысқарды. Ұжымшарлар мен кеңшарлар таратылды, ауыл инфрақұрылымы өзгеріске ұшырады. Жұмыссыздық күшейе түсті.Экономикалық дағдарыс нәтижесінде қалалардың пайда болып, өсіп дамуына жол ашқан зауыт, фабрикалар тоқтап қалды. 1989–1999 жылдары шағын қалаларда тұрғындардың саны азая бастады. Мысалы, Лениногорск – 13,7 мың, Зыряновск – 18,4 мың, Арқалық – 20,3 мың, Шахтинск – 41,8 мың адамға қысқарды. Осы кездері халқымыздың демографиялық және әлеуметтік дамуы ірі бетбұрыстар мен күрделі өзгерістерге ұшырады. Қазақстан үкіметі 2008 жылы көші-қонды басқару жөнінде «Нұрлы көш» мемлекеттік бағдарламасын бекітті. «Нұрлы көш» бағдарламасының негізгі мақсаты – шетелдердегі қандастарымызды және еліміздің оңтүстік өңірінен солтүстік өңіріне қазақтарды ұтымды қоныстандыру. «Нұрлы көш» бағдарламасы аясында мемлекет ел тұрғындарын халқы тығыз, еңбек күші мол оңтүстік облыстардан республикамыздың солтүстік өңірлеріне көшіру саясатын қолға алды. Отанына оралған қандастарды да солтүстік аймаққа орналастыру шарасы жүргізілді. Бала туу деңгейі төмен және жұмыс күшінің тапшылығы бар өңірлердегі кадр мәселесін шешуде 2014 жылдан бастап жүргізілген жалпы «Серпін» атты бағдарлама да сәтті жүзеге асырылып, үлкен маңызға ие болды.