Большинство противовирусных средств в организме больного человека нарушают жизнедеятельность человеческих клеток, следовательно, токсичны для организма больного.
Эффективные противовирусные препараты, как правило, имеют УСД, т.к. мишенями их действия являются отдельные вирусные белки, чаще всего ферменты, участвующие в синтезе нуклеиновых кислот вируса.
Для появления устойчивости к противовирусному препарату бывает достаточно замены одной пары нуклеотидов, что принципиально меняет аминокислотную последовательность в вирусном белке-мишени.
Современные противовирусные препараты подавляют репродукцию вирусов, но после их отмены вирус может вновь начать размножаться. Поэтому при вирусных инфекциях важнейшую роль играет иммунный ответ больного человека. Его ослабление быстро формирует резистентность возбудителя к лекарству и затрудняет процесс лечения.
На вирусы, находящиеся в латентном состоянии, современные препараты не действуют, хотя некоторые из них способны на длительное время сдерживать рецидивы заболевания, следовательно, важную роль приобретает профилактическая противовирусная химиотерапия.
Эффективность противовирусного препарата определяется его концентрацией в клетках больного, которая должна быть оптимально высокой, чтобы подавить репродукцию вируса. Например, аналоги нуклеозидов начинают действовать только после их захвата клетками и фосфорилирования, следовательно эффект зависит от концентрации необходимых ферментов и конкурирующих субстратов, т.е. от типа клетки и особенностей ее метаболизма.
Пробы на чувствительность возбудителя к противовирусным средствам не стандартизованы и, следовательно, малоэффективны для принятия решения по применению лекарства. Поэтому для большинства противовирусных средств не установлено четких закономерностей между эффективной концентрацией препаратов in vitro, их концентрацией в крови и других биологических жидкостях и клинической эффективностью.