SHEET-модельдегі әрбір жіптің орналасқан жерін, мағынасын және алдынғы тізбекке қатысты тіркемені көрсетеді; ATOM

SHEET-модельдегі әрбір жіптің орналасқан жерін, мағынасын және алдынғы тізбекке қатысты тіркемені көрсетеді;
ATOM-стандартты қалдықтардыағы,ақуыздар мен нуклеин қышқылдарының атомдарын сипаттау үшін қолданылады. xyz ортоганальді координаталары бар атомдық координаталар жазбасы;
HETATM-стандартты емес, яғни ингибиторлар, кофакторлар, иондар үшін ортоганальді Angstrom координаталары бар атомдық координаталар жазбасы.
14)Ақуыз құрылымдарының халықаралық базалары. PDB форматында құрылымдық ерекшеліктерді көру үшін қолданатын бағдарламалар және кіші молекулалар мен макромолекулаларды көру тәсілдерін сипаттаңыз, мысал келтіріңіз.
Биологиялық молекулалардың кеңістіктік құрылымын сипаттайтын ең көп таралған файл пішімі-PDB пішімі. PDB файлы-бұл "pdb" кеңейтімі бар қарапайым мәтіндік файл, бірақ басқа кеңейтімдерді де қолдануға болады. Биологиялық макромолекулалардың құрылымы туралы орталық деректер қоймасы-protein Data Bank, қол жетімді rcsb.org . Сонымен қатар, сіз осы деректерге қол жеткізе аласыз және оларды өзіңіз білетін NCBI веб-сайтынан іздей аласыз (structure іздеу бөлімі). Protein Data Bank ішіндегі әрбір құрылымның бірегей идентификаторы PDB ID болып табылады. Бұл идентификатор төрт таңбадан тұрады, олардың біріншісі, әдетте, Сан; PDB Идентификаторындағы әріптер әдетте бас әріппен жазылады, дегенмен көптеген бағдарламалар бұл жағдайда таңбалар регистріне сезімтал емес. PDB идентификаторының мысалдары: 4L9K, 1BTI, 2R33. Іздеуге мысал ретінде біз гемоглобинді ала аламыз. Ең алдымен NCBI сайтына кіріп, іздеу жолына гемоглобинды жазамыз. Шыққан нәтижелер бойынша бірінші сілтемеге өтеміз. Сілтемеден Structure ұяшығында біз ақуыздың суретін, құрылымын көре аламыз. Файлды PDB форматында жүктеу үшін Format-PDB тандап жүктейміз.
15) rcsb.org сайтының құрылымдық бетіндегі Structure summary және Sequence қаптамасында қандай ақпараттар бар? Ондағы нақты деректер мен параметрлерді тізімдеңіз
Structure summary. Кез-келген эксперименттік құрылым үшін (PDB жазбасы) "құрылымның қысқаша мазмұны" бетінде құрылымға шолу жасалады. Онда құрылым туралы ақпарат, құрылым қалай көрінеді, құрылымды анықтау үшін қандай эксперименттік әдістер қолданылды, құрылымды кім ашты, құрылымның сапасы қандай, қандай басылымдар осы құрылымды сипаттайды және т. б. PDB құрылымына қатысты барлық ақпарат осы Summary structure қойындысында болады. Кез-келген есептелген құрылым моделі үшін, "құрылымның қысқаша мазмұны" бетінде құрылымға шолу, оның құрамы және модельдің сенімділігі туралы ақпарат бар. Бұл бетте белгілі бір құрылым туралы негізгі ақпараттың жылдам және ыңғайлы қысқаша мазмұны Берілген. Сонымен қатар, ол басқа биоақпараттық ресурстардан біріктірілген жазбаға қатысты әртүрлі ақпаратты ұсынады. Ол сондай-ақ ұқсас немесе байланысты компоненттері және/немесе құрылымға қатысты басқа да нақты ақпараты бар жазбаларды іздеу опцияларын ұсынады.
Sequence. Полимердегі аминқышқылдарының немесе ДНҚ немесе РНҚ нуклеотидтерінің белгілі бір реті оның реттілігі деп аталады. PDB мұрағатында амин қышқылы немесе нуклеотид әдетте FASTA форматын қолдана отырып, бір әріптен тұратын кодпен ұсынылады. Барлық объектілердің ақуыздары мен нуклеин қышқылдарының тізбегі Sequence қойындысында көрсетілген. Сыртқы реттілік дерекқорынан алынған анықтамалық реттілік, бар болса, полимер объектісінің реттілігімен бірге көрсетіледі. Сонымен қатар, бұл графикалық дисплей әртүрлі көздерден (PDB, UniProt және әртүрлі биоақпараттық ресурстар) біріктірілген әртүрлі құрылымдық және функционалдық аннотацияларды белгілейді