8 Ақуызды зерттеудегі гель-электрофорез әдісі. Мақсаты. Физикалық негіздері
жүктеу/скачать 22,52 Kb.
|
шпор бф дильназ
- Бұл бет үшін навигация:
- Қорытындылап айтқанда әрбір белоктың үшінші реттік құрылымының ерекшелігі
- 13)Jsmol қызметін қолдана отырып құрылымдарды қарау кезіндегі бірнеше командаларды мысалға келтіріп, олардың әрқайсысы қандай әрекетті орындайтынын сипаттаңыз.
| 12)Ақуыз тізбегін іздеу: BLAST сервисі терминологиясы және параметрлері. Ақуыздың үшінші реттік құрылымының қалыптасу заңдылықтарын талдауда функционалдық аймақтарды анықтау.
BLAST бағдарламасының Веб-беті Мұнда: megablast-жоғары ұқсас тізбектерді табу мақсатында жылдам салыстыру; dmegablast-шамалы ұқсастықтары бар дивергентті тізбектерді табу мақсатында жылдам салыстыру; blastn - барлық ұқсас нуклеотидтер тізбегін іздеу мақсатында баяу салыстыру; blastp-барлық ұқсас ақуыз (protein) тізбектерін іздеу мақсатында баяу салыстыру; psi-blast-Position - specific Iterated BLAST – шамалы ұқсастықтары бар тізбектерді іздеу мақсатымен салыстыру; phi-blast - Pattern Hit initiated BLAST-пайдаланушы анықтаған паттерн бар ақуыздарды іздеу; Паттерн – (ағылш. pattern-үлгі, шаблон, модель) - бұл реттіліктің үзіндісі немесе (сирек) әр түрлі объектілерге қолданылатын процедуралардың стандартты жиынтығы. Қорытындылап айтқанда әрбір белоктың үшінші реттік құрылымының ерекшелігі, полипептидтік тізбектің құрамына кіретін амин қышқылдарының орналасу ретіне (бірінші реттік құрылымына) және амин қышқылдарының сандық мөлшеріне тәуелді. Белок молекуласының үш өлшемді құрылымы өз кезегіңде жаңа типті хабарды біріктіреді. Академик В.А.Энгельгард бұны интрамолекулярлы (хабар) деп атаған болатын. Белоктардың барлық биологиялық қасиеттері (каталиттік, гормондық, антигендік және т.б.) төменде көрсетілгендей, олардың үшінші реттік құрылымының сақталғандығымен байланысты, оны белоктың нативті конформациясы деп те атаймыз. Молекула конформациясының бұзылуына әкелетін кез-келген әсер (термиялық, физико-химиялық) белоктың биологиялық қасиетін аздап немесе толығымен жоюына әкеліп соғады. 13)Jsmol қызметін қолдана отырып құрылымдарды қарау кезіндегі бірнеше командаларды мысалға келтіріп, олардың әрқайсысы қандай әрекетті орындайтынын сипаттаңыз. Бұл молекулалардың кеңістіктік құрылымын талдаудың қарапайым әдістерінің бірі. Ол сайт құрылымы бетінің "3D View" қойындысында әдепкі бойынша қолданылады rcsb.org. бұл әдіс компьютерге арнайы бағдарламаларды орнатуды қажет етпейді, сондықтан Интернетке және салыстырмалы түрде функционалды веб-шолғышқа ие кез-келген құрылғыдан жұмыс істеуге болады. Құрылымдарды қарау үшін JavaScript бағдарламасының көмегімен веб-беттегі молекулаларды бейнелейтін jsmol веб-қызметі қолданылады. Jsmol молекулалардың кеңістіктік құрылымдарын картаға түсіру және талдау бөлігінде өте бай функционалдылыққа ие. Бұл қызметтің кемшілігі-бағдарламаның төмен жылдамдығы. Жоғарыдағы мекен-жайға өтіп, бетті қарастырыңыз. Беттің сол жағында құрылымды көрсету аймағы орналасқан. Сонымен қатар, көптеген ұқсас қызметтер сияқты, бетте құрылымды көрсетуді басқару элементтері бар. Олар кейбір әрекеттерді жеңілдетуге арналған; дегенмен, олардың жиынтығы стандартты емес болғандықтан, оларды пайдалану осы Нұсқаулықта сипатталмайды. Көп немесе аз стандартты басқару-бұл мәтінмәндік мәзір, ал әмбебап әдіс-консольдің мәтіндік командаларын пайдалану. Бізде бірнеше командалар бар. Мысалы, HELIX-спиральдын орналасқан жері мен түрін көрсетеді; жүктеу/скачать 22,52 Kb. Достарыңызбен бөлісу:
|