Эубиоз жағдайы-адам организмі мен қалыпты микрофлораның динамикалық тепе – теңдігі қоршаған ортаның іртүрлі факторлары,стрестік жағдай,бақылаусыз антимикробты препараттарды қолдану,сйулелермен емдеу және химиотерапия, тимімсіз тамақтану ,операциялардың әсерінен бұзылуы мүмкін.Нәтжесінде колонизациялық резистенттілік бұзылады.Ақауыл жолмен көбейген транзиторлы микроорганизмдер индол,аммиак,күкіртсутек сияқты заталмасудың улы өнімдерін өндіреді.Дисбактериоз кезінде қалыпты микрофлораның қалыпты функцияларын құрамына кіретін бактериялардың тұрақты сандық және сапалық өзгерістері болады.Дисбоз кезінде микроорганизмнің басқа топтарының арасындада өзгерістер болады.Дисбиоз және дисбактериоз эндогенді инфекцияларға әкелуі мүмкін.Дисбактериоз этилогиясы бойынша және орналасқан жеріне байланысты жіктейді.