Ауыз куысында көптеген микроорганизмдер тіршілік етеді.1мл сілекейде 108 бактерия мекендейді.Бұған ауызда тамақ қалдығының қалуы қолайлы температура және ортаның сілтілі реакциясы әсер етеді. Анаэробтар аэробтарға қарағанда 100 есе көп.Мұнда әрлүрлі бактериялар мекендейді: бактероидтар, превотеллалар, порфиромондалар, эубактериялар,фузобактериялар, лактобактериялар, неиссерия, спирохеталар т.б.Ауыз микрофлорасының құрамы тіл мен сілекейдің механикалық әсерімен реттеледі: микробтар шырыш қабаттар мен тістен сілекеймен шайылады.Сілекейдің антимикробтық құрамы әсіресе лиоцим,антидене бөгде микробтардың эпителоцтике жабысуын тежейді.Шырышты қабықтың эпителиоцитін қаптап тұратын фибронектин микрофлораның тұрақты колонизациялануына ықпал етеді.Фибронектин аз болғанда грам оң бактериялар грам теріске айналады
