Топырақта азот бекіткіш молекулалары азотты сіңіруге қабілетті бактериялар (Azotbacter, Azomonas, Mycobacterium) тіршілік етеді. Азотбекіткіш цианобактериялар түрлерін немесе көк жасыл балдырларды, күріш алқаптарының өнімділігін арттыру үшін қолданылады.
Ішек бактериялары(Enterobacteriacae)-ішек таяқшасы, іш сүзегі, сальмонеллез, дизентерия қоздырғыштары нәжіспен топыраққа түсуі топыраққа түсуі мүмкін. Бірақ мұнда көбеюге қолайлы жағдай болмағандықтан, олар біртіндеп жойылады. Таза топырақта ішек таяқшасы және протей сирек кездеседі, олардың көлемді мөлшерде анықталуы топырақтың адамның және жануарлардың нәжісімен ластану көрсеткіші болып, оның санитарлық эпидемиологиялық қолайсыздығын дәлелдейді.
