Көпшілігіміз үшін автономды жүйке жүйесі біздің саналы бақылауымыздан тыс. Дегенмен, мидың кортексі, әдетте саналы ойлаумен байланысты, сіздің белгілі бір дәрежеде автономды жүйке жүйесін өзгерте алады. Бассүйекте инсулі, алдыңғы синглы кортексі, негізгі инномината, амигдала және вентромедиялық префронтальды кортекс автономды жүйке жүйесіне әсер ету үшін гипоталамуспен байланысады. Вегетативтік жүйеде ядро трактының солитариусы - автономды жүйке жүйесінің негізгі командалық орталығы болып табылады, ол IX және X-нің крандық нервтері арқылы жіберіледі.
Кортекс автономды жүйке жүйесіне байланысты болғандықтан, сіз өзіңіздің жүйеңіздің жүйке жүйеңізді саналы күш-жігермен, әсіресе кейбір практикамен басқара аласыз. Жақсы дайындалған адамдар, мысалы, озық йога дәрігерлері, жүрек соғу жылдамдығын әдейі баяулатады немесе дене температурасын медитативтік тәжірибелер арқылы басқара алады. Алайда көпшілігіміз үшін стресс туғызбастан емес, тыныштандыратын нәрселерге баса назар аудару немесе сіздің симпатикалық жүйке жүйеңізді тез тамыр соғу немесе қорқыныш сезімін тудырған кезде үлкен тыныс алу арқылы сіздің парасимпатикалық жүйке жүйесін қайта қалпына келтіре аласыз бақылау.
