|
|
бет | 5/21 | Дата | 19.03.2022 | өлшемі | 5,26 Mb. | | #136189 |
| Байланысты: Все лек Түрлер ағашы
Түрлер және гендер ағашы
Гендер/түрлер ағаштарын ұштастыру - TreeBeSt
Ұштастыру
Ensembl-дегі ағаштардың көрінісі
Гомологтар типтері: ортологтар және паралогтар
Ортологтар: ата тектік тармағы түртүзілу оқиғасы болып табылатын гендік жұптасу қатынасы
Паралогтар: ата тектік тармағы дупликация оқиғасы болып табылатын гендік
жұптасу қатынасы
Ортологтар және паралогтар түрлері
бір2бір ортолог
Бір2көп ортолог
Көп2көп ортолог
бір2бір нақты ортолог
түрішілік паралог
түраралық паралог
GeneView-дегі ортологтар
Ақуыздар туыстығы
Қалай: кез-келген түрдегі әрбір изоформа үшін (транскрипт) кластерлік ақуыздар
Не үшін: “жаңа” гендер/ақуыздар қызметін болжау ген өзара байланысын түсіну
Ақуыздар деректерін жинау
1,800,000 аға ақуыздар кластерленген
Барлық түрлер бойынша барлық Ensembl ақуыз болжамдары: 895,070
UniProt -тағы барлық жануарлар ақуыздары:
Кластерлеу стратегиясы
BLASTP all-versus-all салыстыру
Марков кластерлеуі
Әр кластер үшін:
ClusterIW арқылы мульти тізбекті теңдестірулерді есептеу
Келістірілген сипаттамаларды теңдестіру
Бүкіл геномды теңдестіру – Не үшін?
Гомологты аймақтарды анықтау
Ретсіз гендерді болжауларды нақтылау
Сақталған аймақтар функционалдық болуы мүмкін
Синтетикалық аймақтарды (реті мен бағыты жоғары сақталатын ДНҚ
тізбегіндегі ұзын аймақтар) анықтау
Достарыңызбен бөлісу: |
|
|