Жер қатынастарын мемлекеттік реттеу органдарының жүйесі Жер қатынастарын реттейтін мемлекеттік органды бірнеше топқа бөлуге болады:
1. Жалпы құзіреті бар органдар. Олардың қатарына: Парламент, Президент, Үкімет, жергілікті өкілді және атқарушы органдар жатады.
2. Арнайы құзіреті бар органдар. Қазақстан Республикасының Жер ресурстарын басқару агенттігі. Бұл агенттіктің құқықтық мәртебесі Жер Кодексінің 14-бабымен және Қазақстан Республикасы Үкіметінің 15 қаңтарда 2005 жылғы қабылданған қаулысымен бекітілген ережемен реттеледі.
3. Функционалды құзіреті бар органдар. Бұларға келесі органдар жатады: Қоршаған ортаны қорғау министрлігі, Ауыл шаруашылығы министрлігі, Су ресурстарын басқару жөніндегі комитет, құқық қорғау органдары, прокуратура органдары, сот органдары, салық органдары.
Үкімет құзіреті Жер кодексінің 13-бабында қарастырылған. Жер кодексіне сәйкес, Ќазаќстан Республикасы Үкiметiнiң жер қатынастарын реттеу саласындағы құзыретiне мыналар жатады:
1) Республиканың жер қорын пайдалану мен қорғау саласындағы мемлекеттiк саясаттың негiзгi бағыттарын әзiрлеу;
2) қоршаған ортаны қорғау жөнiндегi басқа да iс-шаралардың кешенiнде жердi ұтымды пайдалану, топырақ құнарлылығын сақтау мен арттыру, жер ресурстарын қорғау жөнiндегi мемлекеттiк бағдарламаларды әзiрлеу;
3) республикалық маңызы бар ерекше қорғалатын табиғи аумақтарды құру мен кеңейтуге, халықаралық мiндеттемелердi орындау мен жердi қорғаныс және қауiпсiздiк қажеттерi үшiн пайдалануға байланысты жағдайларда барлық санаттағы жерден жер учаскелерiн беру және алып қою, соның iшiнде сатып алу арқылы алып қою;
4) жер учаскесiне меншiк құқығына және жердi пайдалану құқығына берiлетiн құжаттардың нысандарын бекiту;
5) облыстық өкiлдi және атқарушы органдардың аудандар мен облыстық маңызы бар қалалардың шекарасын өзгерту мәселелерi жөнiндегi ұсыныстарын келiсу, сондай-ақ облыстық маңызы бар қалалар төңiрегiнде қала маңы аймақтарын белгiлеу мен өзгерту;
6) жердi ерекше қорғалатын табиғи аумақтарға жатқызу және жердi осы аумақтардың резервiне қалдыру тәртiбiн, республикалық және халықаралық маңызы бар ерекше қорғалатын табиғи аумақтардың тiзбесiн бекiту;
7) мемлекеттiк жер кадастры мен жер мониторингiн жүргiзу тәртiбiн бекiту;
8) жердi пайдалану мен қорғауды мемлекеттiк бақылауды жүзеге асыру тәртiбiн белгiлеу;
9) облыстардың және астананың, республикалық маңызы бap ќалалардың арасындағы жер қатынастарын реттеу;
Жергілікті өкілді органдар мен жергілікті өзін-өзі басқару органдарының құзіреті Жер кодексінің 15-бабымен қарастырылған. Олардың тиiстi аумақтарда жер қатынастарын реттеу саласындағы құзыретiне мыналар жатады:
1) басқа да табиғат қорғау iс-шаралары кешенiнде жердi ұтымды пайдалану, топырақ құнарлылығын арттыру, жер ресурстарын қорғау жөнiндегi аймақтық бағдарламаларды бекiту;
2) ауылдық (селолық) атқарушы органдардың қарамағына берiлген ауыл шаруашылығы алқаптарын қоса алғанда, елдi мекендер аумағында жер шаруашылыќ орналастыру жоспарларын бекiту;
3) жергiлiктi бюджеттер құрамында жер ресурстарын қорғау және топырақ құнарлылығын арттыру жөнiндегi шығыстарды бекiту;
4) жергiлiктi атқарушы органдар мен ұйымдар басшыларының жер ресурстарының пайдаланылуы мен қорғалуының жай-күйi туралы есептерiн тыңдау;
5) Қазақстан Республикасының заң актiлерiнде белгiленген құзыретi шегiнде әкiмшiлiк-аумақтық бiрлiктер арасындағы шекараны белгiлеу туралы шешiмдерқабылдау;
Жергілікті атқарушы органдардың құзіреттері Жер кодексінің 16, 17, 18, 19-баптарында қарастырылған. Елдi мекендер жерiн қоспағанда, аудан шекарасының шегiнде жер ќатынастарын реттеу саласында аудандық (қалалардағы аудандардан басқа) атқарушы органның құзыретiне мыналар жатады:
1) жер учаскелерiн жеке меншiкке және жер пайдалануға беру;
2) жер учаскелерiн мемлекеттiк қажеттiктер үшiн алып қою, соның iшiнде сатып алу арқылы алып қою;
3) басқа да табиғат қорғау шараларының кешенiнде жердi ұтымды пайдалану, топырақ құнарлылығын арттыру, жер ресурстарын қорғау жөнiндегi аудандық бағдарламаларды әзiрлеп, тиiстi өкiлдi органның бекiтуiне енгiзу және олардың орындалуын қамтамасыз ету;
4) ауылдық (селолық) атқарушы органдардың құзырына берiлген ауыл шаруашылығы алқаптарын қоса алғанда, елдi мекендер аумағында жер-шаруашылық орналастыру жоспарларын тиiстi өкiлдi органның бекiтуiне әзiрлеу және олардың орындалуын қамтамасыз ету т.б.