Горизонтальды электрофорез кезінде бөлуді қағазға, целлюлоза ацетатына, гель плиталарына және жұқа қабатта жүргізуге болады, дегенмен жоғары кернеулерде жіңішке қабаттармен жұмыс істеу жоғары вольтты электрофорездегідей металл салқындатқыш тақталарды қолдануды қажет етеді.
Үлгі қолданылатын буферлік тірек әдетте көлденеңінен (көлденең электрофорез) оқшаулағыш материалдың тегіс бетіне, мысалы, плексигласқа орналастырылады. Қағаздағы көлденең электрофорездің көмегімен саусақ іздері арқылы пептидтер қоспасына талдау жасауға және әртүрлі фракциялардың микроколицаларын ажыратуға болады. Осы мәселелерді шешу үшін екі буферлік ерітіндідегі қағаздағы электрофорез ыңғайлы, бұл бір сатылы экспериментте қоспаның қышқыл және негізгі компоненттерін нақты бөлуге мүмкіндік береді . Орташа гидролизден кейін реакция қоспасында әдетте қышқыл және негізгі пептидтер қоспасы болады. Екі түрлі буферлік ерітінділерді бір уақытта беру мұндай пептидтердің толық бөлінуіне ықпал етеді.
