Этиологиясы Ауру генетикалық иммундық бақылаудың іштен болатын ақауына байланысты Т-лимфоциттерді өз тироциттеріне қарсы итермелеп, олардың бұзылуына әкеледі. Гистологиялық лимфоцитарлы және плазмоцитарлы инфильтрация, тиреоциттердің онкоцитарлы трансформациясы (Гюртле-Ашкенази жасушаларының түзілуі), фолликулалардың бүлінуі анықталады. АИТ-тың бір отбасы мүшелерінде кездесуі жиілеуде. Науқастарда өте жиі HLA-DR3, DR5, B8 гаплотиптері анықталады. 50% жағдайда АИТ-пен ауыратын науқастардың туыстарында ҚБ қарсыденелер анықталады. Кейде бір науқаста немесе бір отбасы мүшелерінде АИТ пернициозды анемия, аутоиммунды біріншілік гипокортицизм, созылмалы аутоиммунды гепатит, қантты диабеттің 1 типі, витилиго, ревматоидты артрит сияқты басқа да аутоиммундық аурулармен тіркесіп өтеді.
