Hyperchem бағдарламасын қолдана отырып молекулалардың құрылысын жобалау
жүктеу/скачать 477,72 Kb.
|
жоба азиза
- Бұл бет үшін навигация:
- НАЗАРЛАРЫҢЫЗҒА РАҚМЕТ!
ChemOffice бағдарламасыОрындаған:Джаксылыкова АзизаЖоба жетекшісі:Манапов НұрланЖоба жоспары:1.1 ChemOffice. 1.2 ChemDraw бағдарламасында химиялық формулалардың құрылысын өңдеу. 1.3 ChemOffice бағдарламасының Сhem3D пакетінде молекуланың құрылысын шығару. 1.4 Молекуланың үш өлшемдегі үлгісін өңдеу және геометриясын талдау ChemOffice Интеграцияланған бағдарламалық кешен ChemOffice мынандай төрт арнайы бағдарламаларды қамтиды: 1. Химиялық формулаларды редакциялауда "Химиялық редакторы" CS ChemDraw дәстүрлі құралы болып табылады. 2. Мамандандырылған редакторы CS ChemFinder деректер базасы, өңдеу және химиялық қосылыстардың, дерекқорларды басқару үшін, жасау үшін арналған; 3. CS Chem3D бағдарламасы визуалды химиялық қосылыстар, компьютерлік модельдеу және есептеулер үшін арналған ; 4. CS Table Editor редакторы кестені қарауға және кестелік деректерді өңдеу үшін арналған CS Chem3D бөлімін қолданылады2. ChemDraw бағдарламасында құрылымдық формулаларды өңдеу ChemDraw бағдарламасы кешенді бағдарламалық пакет ChemOffice-тің бір құрамдас бөлігі болып табылады, ол молекулалық құрылымдардың екі өлшемді түрлері үшін және екі өлшемді химиялық редакторларға арналған. Ол кез-келген күрделі молекулалық құрылымды жазықтықтағы бейнесін көрсетуге, реакция теңдеуін жазуға, ал молекулалардың атын атауға және үш өлшемді моделін өзгертуге Chem3D мүмкіндік береді(Chemical Symbols) түймешігі арнайы химиялық таңбаларды (иондар заряды, радикалдар белгісін ) жасауға мүмкіндік береді. (6-сурет) (Arcs) түймешігі доға түрлі бұрыштарды салады: қатты және штрих. (7-сурет) (Atom-to-Atom mapping) түймешігі сәйкес келетін молекулалық реакция орталықтарын көрсетеді. Ол тек бір реакция қолдайды. (Templates) батырмасы, контекстік мәзір дайындамалар: амин қышқылдары, хош иісті циклдер, биоциклдер, конформациялық, т.б. Түймешік (Acyclic Chain) тізбек бірлік көрсетілген санын жасайды. Түймешік (Rings) сіздің жұмысыңызды тез әр түрлі сақина циклоалкан және ароматты сақиналар жасауға мүмкіндік береді.
Екі өлшемді редакторлауға қарағанда химиялық формулаларды Сhem3D және HyperChem редакторлау толықтай үш өлшемді үлгілеу мен химиялық байланыстарды визуализациялауға толықтай мүмкіндік береді. ChemOffice пакетінің негізгі қосымшасы СSСhem3D. Бағдарламаның стартты экранын қарастырайық. Сhem3DUltra бағдарламасының жұмыс терезесі 4. Үш өлшемді молекулалық үлгінінің геометриялық талдауы мен редакциялау Химиялық байланыстың үш өлшемді үлгісін түзудің бірнеше әдістері бар. Бір қарапайым химиялық редакторлар арқылы түзілген екі өлшемді үлгіні қолдану. Құрылымдық формула түріндегі екі өлшемді үлгі байланыстарға сәйкес CS ChemDrawқосымшасында немесе басқа да «химиялық редакторларда» түзіледі, мысалы ISIS/Draw, ал содан кейін “көшіру» және «орнына қою» операциясы көмегімен Windows алмасу буфері арқылы Chem3Dтерезесіне ауыстырылады. Chem3D терезесіне көшіру кезінде құрылымдық формула автоматты түрде үш өлшемді үлгіге түзіледі, сонымен қатар, сәйкес келетін валенттілік бұрышының ұзындығы мен атомдар арасындағы бұрыштар осы элементтердің стандартты мәні болады. Chem3Dинтерфейсімен жұмыс жасамайтын редакторлар да Windowsалмасу буферінде үлгілерді импорттау стандартты химиялық форматтардың файлдарының (ale, .mol, .msm, .mop) бірімен жүзеге асуы мүмкін. Терезенің жұмыс өрісіндегі байланыста брутто-формуланы жазу «А» әріпті батырманы басқаннан кейін құралдар панелінде курсор орталықта «А» әрпімен қиылысатын түрге өзгереді. Егер, тышқанмен жұмыс терезесінің кез-келген жеріне басқанда мәтін жазатын орын пайда болады, бұл жерде латын әріптерімен байланысқа сәйкес брутто-формуласын жазуға болады, мысалы СН3(СН2)2С6Н5. Еңгізу батырмасын басқаннан кейін жұмыс терезесінде байланысқа сәйкес үш өлшемді үлгі түзіледі. Есте сақтайтын жағдай, осы және басқа да брутто-формулада әртүрлі құрылымдық изомерия беріледі, сондықтан түзілген үлгі ары қарай ұзақ редакциялауда қажет етуі мүмкін. НАЗАРЛАРЫҢЫЗҒА РАҚМЕТ!жүктеу/скачать 477,72 Kb. Достарыңызбен бөлісу:
|