Крон ауруының белгілері әртүрлі, бірақ көбінесе созылмалы диарея >6 апта, іштің ауыруы және/немесе дене салмағының төмендеуі[4]. Шаршау, тәбеттің болмауы және безгегі сияқты жалпы белгілер де тән. Аурудың болуы немесе болмауы туралы сөзсіз айтуға болатын бірде-бір параметр жоқ.Клиникалық көрініс өте алуан түрлі және көбінесе аурудың локализациясына, ауырлығына, ұзақтығына және қайталануына байланысты:Жалпы белгілері: әлсіздік,шаршау, температураның жоғарылауы, көбінесе толқын тәрізді."Ішек" белгілері: іштің ауыруы, көбінесе жедел аппендицит, диарея, анорексия, жүрек айну, құсу, ентігу, салмақ жоғалту.Крон ауруының фистулалық формасының көріністері: ұзақ уақыт емделмейтін анальды жарықтар, тік ішектің фистулалары (диагнозға дейін перинэяға көптеген операциялар жасалуы мүмкін).Салмақ жоғалту пациенттердің едәуір бөлігінде байқалады және алдымен анорексиямен және тамақтан кейін ауырсынудың жоғарылауымен, ал дамыған жағдайларда хирургиялық араласудан кейін де, процестің ұзақтығы нәтижесінде де дамитын ішекте сіңудің бұзылу синдромымен байланысты.Майлардың, ақуыздардың, көмірсулар мен дәрумендердің (B12 және A, D) сіңуі бұзылады. Ұзақ немесе бірнеше зақымдануы бар, жұқа және тоқ ішектің арасында фистулалары бар науқастарда айқын статорея дамиды. Илеоцекальды бұрышта процестің локализациясы бар науқастарда ауру жоғары температурадан, оң жақ мықын аймағындағы ауырсынудан, сол жерде пальпацияланатын массаның пайда болуынан басталуы мүмкін, бұл аппендициттің жалған диагнозына және негізсіз операцияға әкелуі мүмкін.Бірінші айналымдағы клиникалық зерттеу өте маңызды емес, жалғыз Табылған заттар — афтозды стоматит, оң жақ мықын аймағындағы сезімталдық және пальпацияланған масса, анус аймағындағы фистулалар мен абсцесс. Көптеген және әр түрлі сыртқы көріністер үлкен қызығушылық тудырады.
