Причиной первичных ИПС является наследуемый или врождённый дефект генетической программыиммунокомпетентных клеток, а также клеток, обеспечивающих неспецифическую защиту организма.
Причиной вторичных ИПС являются расстройства, возникающие после рождения на разных этапах онтогенеза индивида. Они развиваются в результате повреждения клеток системы ИБН, имевших нормальную генетическую программу под влиянием факторов различной природы: - физической (например, высокой дозы рентгеновского излучения или свободных радикалов); - химической (в частности, цитостатических агентов или перекисных соединений); - биологической (например, значительного повышения уровня в крови глюкокортикоидов, повреждения клеток иммунной системы вирусами, бактериями, чужеродными клетками и АТ).