Біріншіден, қолдану саласы бойынша микроорганизмдер топтары бөлінбейді (мысалы: медициналық биотехнологияда микробтардың бір тобын, тағамдық биотехнологияда - келесі, ауыл-шаруашылық биотехнологияда - үшінші тобьн және т.б.). Айта кету керек, бір микробтық метаболитті (аминқышқылдар, органикалық қышқылдар, антибиотиктер, витаминдер және т.б.) түрлі таксономиядағы микроорганизмдер түрлері (ашытқылар және бактериялар, мицелллалы саңырауқұлақтар мен актиномицеттер және т.б.) синтездей алады; сондай-ақ бір метаболитті әртүрлі салада қолдануға болады.
