В настоящее время школы города Байконур функционируют в особых условиях, выражающихся в управлении ими соответствующими органами Министерства образования Российской Федерации. Учитывая состав учащихся, являющихся гражданами Республики Казахстан, Министерство образования и науки РК рекомендует изучение следующих учебных дисциплин в школах с казахским языком обучения за счет регионального компонента Федерального базисного учебного плана:
Казахский язык: 1-11 классы;
Казахская литература: 5-11 классы;
История Казахстана: 5-11 классы;
География Казахстана: 8-9 классы.
При изучении других общеобразовательных дисциплин учителю рекомендуется предусмотреть в календарно-тематическом и поурочном планировании время на усвоение учебного материала, касающегося особенностей Республики Казахстан.