Практическая работа №1. Молекулярные визуализаторы и молекулярные конструкторы. Построение молекулярных структур. Цель

Практическая работа №1. Молекулярные визуализаторы и молекулярные 
конструкторы. Построение молекулярных структур. 
 
Цель: 
ознакомиться с современным программным обеспечением, 
предназначенным для построения и визуализации молекулярных структур. 
Научиться строить двух- и трёхмерные модели молекул с помощью программного 
обеспечения ChemDraw, Chem3D, Hyperchem.
 
 
Молекулярные визуализаторы и молекулярные конструкторы. 
Существуют программы, которые отображают структуру молекулы на 
экране и позволяют производить построение или редактирование такой структуры 
в визуально-диалоговом режиме. Программы, которые отображают на экране 
структуру, описанную в какой-либо системе координат, называются 
визуализаторами молекулярной структуры
(molecular viewers). Программы, 
которые позволяют создать или изменить структуру в диалоговом режиме 
называются 
молекулярными конструкторами
(molecular builders). Большинство 
программ объединяют в себе средства визуализации и редактирования структуры, 
но некоторые имеют большую ориентацию на визуализацию, чем на 
редактирование. Несколько наиболее известных визуализаторов и конструкторов: 
VMD
– профессиональный свободно распространяемый визуализатор, 
ориентированный на очень большие структуры, в т.ч. белки и полимеры, 
результаты профессионального молекулярно-динамического моделирования с 
сотнями тысяч атомов и тысячами наборов координат. Прежде всего 
ориентирован на ОС LINUX, но есть версия для Windows. В первую очередь это 
визуализатор, хотя есть некоторые возможности редактирования структуры. Сайт 
программы: 
https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
  
Avogadro
– бесплатный конструктор-визуализатор. Позволяет создание и 
редактирование на экране небольших и средних молекул, в том числе с 
генерацией Z-матриц и входных файлов для программ Gaussian, Gamess, NWchem 
и др. Позволяет работать с дробными координатами. Имеет довольно большую 
библиотеку структур различных химических соединений и фрагментов. Есть 
версии для Windows, Linux, MacOS.Сайт: 
http://avogadro.cc/