Практическая работа №1. Молекулярные визуализаторы и молекулярные конструкторы. Построение молекулярных структур. Цель
жүктеу/скачать 338,08 Kb. Pdf көрінісі
|
Практическая работа №1. Молекулярные визуализаторы и конструкторы. Построение молекулярных структур
| MacMolPlt
– наиболее удачная программа Бретта Боуда (Brett Bode, университет штата Айова) для подготовки исходного файла и визуализации результатов расчетов, выполненных с помощью программы GAMESS. Сайт: https://brettbode.github.io/wxmacmolplt/MacMolPlt_Manual.html Facio – это бесплатная программа 3D-графики на основе OpenGL для молекулярного моделирования и визуализации квантово-химических расчетов (GAMESS и Gaussian). Разработана профессором Масахико Суенага (Masahiko Suenaga, Ph.D., Kyushu University, Japan). Поскольку внутри Facio используется формат PDB (Protein Data Bank), он также может отображать 3D-структуру биологических макромолекул, таких как белки и нуклеиновые кислоты, с выделением их вторичной или четвертичной структуры. Сайт: https://zzzfelis.sakura.ne.jp/ Molekel - бесплатная кроссплатформенная программа молекулярной визуализации с открытым исходным кодом. Разработан в Женевском университете Питером Ф. Флюкигером в 1990-х годах для Silicon Graphics Computers. В 2006 г. Швейцарский национальный суперкомпьютерный центр (CSCS) перезапустил проект, и 21 декабря 2006 г. была выпущена уже версия 5.0. Программа содержит различные методы ускорения рендеринга молекул с поддержкой методов детализации, зависящих от вида. Предусмотрены также программируемые и стандартные шейдеры для улучшения качества обводки контуров и выполнения рендеринга, подобного эскизу. Реализована анимация молекулярных поверхностей и колебательных режимов. Доступен экспорт изображений с высоким разрешением для печати с разрешением и экспорт анимации. Сайт: https://ugovaretto.github.io/molekel/ Mercury - это бесплатное программное обеспечение, разработанное Кембриджским центром кристаллографических данных. Mercury предоставляет возможность трехмерной визуализации кристаллической структуры, а также рисовании и анализе кристаллической упаковки и межмолекулярных взаимодействий. Текущая версия Mercury может читать файлы типов в т.ч. «.cif», «.mol», «.mol2», «.pdb», «.res», «.sd» и «.xyz». Mercury доступен в виде бесплатной загрузки программного обеспечения и полной версии Mercury с более расширенными функциями, доступными с лицензией CSD, расширенные функции отключаются при отсутствии такой лицензии. Кембриджский центр кристаллографических данных (CCDC) предоставляет лицензию CSD академическим учреждениям. Сайт: https://www.ccdc.cam.ac.uk/solutions/software/free-mercury/ Более подробную информацию о программах, руководства пользователей, а также установочные файлы можно найти на указанных сайтах. жүктеу/скачать 338,08 Kb. Достарыңызбен бөлісу:
|