Емдеу мекемелерінің қаржысын басқару – бұл алға қойылған мақсаттарға жету үшін ЕПМ ресурстарын қалыптастыруға және оларды орынды пайдалануға бағытталған өзара байланысты іс-қимылдардың кешені болып табылады. Денсаулық сақтау саласында қаржылық менеджмент күрделі, емдеу мекемелерінде әлі толығымен қолданылып үлгермеген басқару жүйесі болып саналады. Алайда бұл жүйені денсаулық сақтау мекемелеріне толығымен енгізу медициналық мекемелердің нарықтық жағдайдағы өмір сүру қабілеттілігінің артуына тікелей әсер ететін фактор болып табылады.